В корне приведенных Вами слов происходит чередование им/я. Об этом чередовании как об орфографическом явлении можно прочитать в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Чередование есть. Гласная а появляется в глаголах с суффиксами -ивы-, -ыва-. Это явление описано в правилах о безударных гласных, см. «Орфографическое комментирование русского словаря».

В слове подъём можно выделить приставку под- и корень -ём-. Приставка в слове имеет свойственное ей значение направленности действия, движения снизу вверх. Корень -ём- выделяется при сравнении со словами разъем, отъем (от отнять). В корне происходит чередование, ср.: поднять — поднимать — подъем. 

Вы привели пары слов, а не форм слов. Названные Вами суффиксы словообразующие. Обратите внимание: в слове косыночка суффикса -очк- нет. Косыночка образуется от косынка, к основе косынк- прибавляется суффикс -к-, при этом в основе происходит чередование к/ч и перед ч появляется беглая гласная о. Однако в начальной школе обычно не разграничивают суффикс -очк- и сочетание очк, появившееся на стыке морфем, так как для выбора написания различие это никакого значения не имеет, а объяснение сложных морфонологических явлений может запутать ребенка.

Почитатель, почёт, почтение, пóчесть – это однокоренные слова, и их корень содержит чередование: чет(чёт,чес)/чит/чт.

Это другие корни, правописание которых не регулируется правилом о ТВАР-ТВОР. 

В корне плыв чередующийся гласный. При этом в соответствующей орфограмме плав - плов вариант плыв не указывается, поскольку орфографической трудности он не представляет.

Чередование гласных в корне в этом слове присутствует.

Корень этого слова имеет чередующиеся гласные и (читать) и е (прочесть), которые чередуются еще и с нулем звука (чтец, чтиво). В общеславянском языке звук и в этом корне чередовался со сверхкратким гласным звуком. В древнерусском языке этот гласный перестал произноситься в безударной позиции. Так возникло чередование с нулем звука. 

Нет, правильно только на весу. В корне этого слова происходит чередование гласных: под ударением и в безударной позиции пишутся и буква е (вешать, вывесить), и буква и (виснуть, висюлька). Правило можно посмотреть здесь (см. правило 2).