См. в разделе «Азбучные истины».

А. В. Суперанская, один из лучших специалистов по ономастике, считала, что «номенклатурные термины [родовые понятия] составляют неотъемлемую часть географических названий», однако в своих публикациях она часто пишет о «собственно названиях», отделяя их от родовых слов-понятий. Объединяющим термином у А. В. Суперанской часто выступает слово топоним (см., например: Суперанская А. В. Прописная и строчная буква в собственных именах различных категорий // Орфография собственных имен / отв. ред. А. А. Реформатский; АН СССР, Ин-т рус. языка. М.: Наука, 1965. С. 25–43).

Слово Кемерово среднего рода, поэтому верно: Кемерово обошло.

Верно: Я был на озере Байкал. Названия озер не склоняются в сочетании с родовым словом озеро. Исключение составляют случаи, когда топоним выражен прилагательным: на Онежском озере.

Рекомендуем не склонять это название, поскольку оно не вполне освоено русским языком: подъехать к Сари-Пуль. Если речь идет о выборе формы определения, следует ориентироваться на род родового слова.

Географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река и др., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование.

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.

Кроме того, обнаруживают тенденцию к несклоняемости приложения-топонимы среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о (с родовым словом): между селами Молодечно и Дорожно.

Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом. Подробнее см. в "Письмовнике".

Таким образом, верно: в городе Полярном, в городе Кириллове, в городе Бабаево, в селе Ферапонтово, в селе Хвалевском, в селе Спасское-Куркино.

Если родовое слово сокращено до г. или с., правила те же, что и со словами город и село.

Требуется тире: По сообщениям, над районным центром — городом Нижний Ломов и прилегающей к нему сельской местностью ожидается гроза.

Что касается склонения названия, то справочники дают разные рекомендации. На практики названия из двух слов при употреблении с родовым словом город чаще не склоняются.

Лефортово – русский (а значит, славянский) топоним, образованный от неславянской фамилии.   

Оба варианта верны: в первом указано название аэропорта, а во втором – расположение.

Если название Ванино употребляется без родового слова (поселок), оно склоняется: в Ванине. Подробнее см. в "Письмовнике".