Корректно: Информация о дипломатической миссии в Японии.
Форма "у подножья" не будет ошибочной (хотя она и не основная). Ср.: Он пребывал как бы рядом, но наверху, на своей вершине, а они орали у подножья горы (Д. Гранин, Зубр).
Правильно.
Пишется с одной П: капа.
Пунктуация верна.
Существуют обе формы повелительного наклонения: чисти и чисть, при этом форма чисти стилистически нейтральная, чисть разговорная.
Сочетание предоставлять списки слов не ошибочно. Возможно, речь идет об употреблении глаголов представить – предоставить? Предоставить – передать, дать возможность распоряжаться; представить – предъявить, показать, продемонстрировать. Таким образом, в значении 'дать возможность кому-то распоряжаться списками слов' сочетание предоставить списки слов корректно.
Да, местоименное слово что в значении «который» может использоваться в придаточных определительных предложениях, относящихся к одушевленным существительным, например: Александр Романов, офицер, что был у вас дома и рассказывал о Фоме, снова арестован и сидит у нас... [Даниил Гранин. Зубр (1987)]; Соседка, что жила напротив и приходила поздно, горячилась больше всех [Юрий Трифонов. Дом на набережной (1976)]. Как и перед любым придаточным, запятая перед ним нужна.
См. также ответ на вопрос 315841.
Запятая перед "и" ставится.