Оба названия надо заключать в кавычки (это названия разных космических кораблей), а между ними ставить тире с пробелами. Что касается порядка слов, то в полном официальном названии программы на первом месте стоит наименование американского корабля, что закреплено и в аббревиатуре ЭПАС: Экспериментальный полет «Аполлон» – «Союз» (так зафиксировано, в том числе, и в «Большой советской энциклопедии»). Однако при написании сокращенного названия в русских текстах принято: программа «Союз» – «Аполлон».
Можно, в знач. "союз, созданный с какой-либо целью", хотя такое употребление нехарактерно для современного русского литературного языка.
Союз либо можно использовать, ошибки нет. Какой союз выбрать – решать Вам.
Перед одиночным союзом или запятая в таких случаях не ставится. В приведенном Вами предложении содержится сочетание ли... или, которое рассматривается как повторяющийся союз (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, примечание к п. 3 параграфа 30.1).
См. ответ на вопрос № 221204.
Слово союз здесь нужно писать строчными буквами.
