Корректно использование тире: морской водоём ― охладитель, водоём ― охладитель АЭС, рыбы ― хозяева Kudoa. 

Слоговые аббревиатуры (т. е. аббревиатуры, состоящие из сочетания начальных частей слов, напр.: местный комитет – местком, продмаг, завхоз, комсомол) с основой на согласную относятся к словам мужского рода I склонения (Русская грамматика. М., 1980. § 588). Поэтому слова Мининфоком, Госкомтуризм склоняются.

Вопрос состоит в том, к какому слову относится определительный оборот: к слову постановление или к слову проект. Кажется, что ни постановление, ни его проект сами по себе не могут снизить "предельный размер ГЭСВ". Во втором предложении корректно: "проект еще находится на стадии обсуждения, которОЕ продлится до 1 августа текущего года". 

Запятая ставится только в том случае, если оборот, начинающийся предлогом в связи с, носит характер присоединительного (если перед этими словами есть интонационная пауза). Если паузы перед этими словами нет, запятая не нужна.

Действительно, слово тенденция употреблено в названии темы неудачно.

Есть еще несколько случаев, когда после согласных пишется э. Это написание после приставок или составных частей сложных и сложносокращенных слов (предэкзаменационный, сэкономить; двухэтажный, Мосэнерго); написание во многих собственных именах иноязычного происхождения и производных от них словах (Бэкон, Дэвид, Сэлинджер; Мэриленд, Тайбэй, Улан-Удэ, Хуанхэ). Кроме того, э пишется в названиях букв (бэ, вэ, гэ и др.), в составе аббревиатур, пишущихся по названиям букв, и слов, образованных от буквенных аббревиатур, напр.: бэтээры, кавээнщик, гэпэушник, кагэбэшный, в звуковых аббревиатурах и образованных от них словах, напр.: ГЭС, ТЭЦ, ВТЭК, НЭП, втэковский, нэпман. 

Но в целом закономерность, о которой Вы говорите, существует. По нормам русской орфографии не в начале корня после букв, передающих твердый согласный, в словах иноязычного происхождения, как правило, пишется буква е (бизнес, бренд, коттедж, партер, стенд, инерция); буква э пишется только в немногих нарицательных существительных, таких как мэр, мэтр, пленэр, пэр, рэкет, рэп, сэр и некоторых других словах (преимущественно узкоспециальных), их круг определяется орфографическим словарем.