Тире в данном случае присоединяет пояснительный оборот: изменило краски (то есть) стало темнеть.
Возможны оба варианта. Запятые нужно поставить, если оборот после окончания расчетного времени обработки имеет пояснительный характер или на нем нужно сделать акцент, выделить его. Во втором случае вместо запятых лучше использовать тире. Однако такой вариант будет неуместен в строгой официальной речи (в инструкции, приказе и под.).
Д. Э. Розенталь описал закономерность, в соответствии с которой запятая в приведенном Вами случае не ставится.
«При двух однородных членах предложения с повторяющимся союзом и запятая не ставится, если образуется тесное смысловое единство (обычно такие однородные члены не имеют при себе пояснительных слов): Кругом было и светло и зелено (Т.); Он носил и лето и зиму старую жокейскую кепку (Пауст.); Прибрежная полоса, пересечённая мысами, уходила и в ту и в другую сторону (Сем.); Он был и весел и печален в одно и то же время.
Такие смысловые единства образуются словами с ассоциативными (часто антонимическими) связями: и брат и сестра; и родители и дети; и отцу и матери; и с сыном и с дочерью; и друзья и враги; и слава и позор; и зрение и слух; и тело и душа; и глухой и немой; и море и горы; и музыка и пение; и стихи и проза; и любовь и ненависть; и радость и горе; и зимой и летом; и ножи и вилки; и блюдца и чашки; и он и она».
В приведенный ряд примеров вписывается и сочетание из Вашего предложения и вверху и внизу. Сочетание обособляется как пояснительный член предложения.
Запятая нужна, так как союз или присоединяет пояснительный член предложения.
В предложении обособлен пояснительный оборот после ознакомления с конфигурационными файлами.
Если вторая часть бессоюзного предложения начинается словами так, это, только, такой, между частмяи предложения ставится тире: Персонал выдал каждому жилет с особым номером — это было необходимо, чтобы по возвращении проверили наличие всех пассажиров.
Пунктуация верна. Однако в третьем предложении, на наш взгляд, более подходящим знаком является тире. Однородные компоненты объявляет арестанта преступником и выносит смертный приговор по смыслу подчинены сочетанию идёт против своей совести, они показывают, что именно совершает прокуратор против совести. Эту смысловую подчиненность, пояснительный характер компонентов можно показать знаком тире.
В данном случае слова а именно стоят перед присоединительным членом предложения (а не предложением), двоякое прочтение невозможно, поэтому двоеточие или другие знаки препинания после а именно не требуются.
Запятая во фразе с наступающим 2020 годом ставится, если пишущий придает числительному пояснительный оттенок: с наступающим, то есть 2007 годом. Однако без пояснительного оттенка оборот тоже возможен: с наступающим 2020 годом. В этом случае слово наступающим относится ко всему обороту 2020 годом: с 2020 годом (каким?) наступающим.
На практике запятую чаще не ставят.
Запятая нужна, поскольку после или следует пояснительный член предложения. Такие члены предложения выделяются запятыми.
