Верно: по причине поджога.
Правильно: причину отказа в выдаче справки.
Это сложноподчиненное предложение, придаточная часть — неполное предложение. В подобных случаях запятая между частями ставится.
Перестановки здесь нет: сочетание rv в латинском дало сочетание рв в русском.
В этом примере замена возможна.
Обособление обязательно. Если определение относится к личному местоимению, оно обособляется.
Пунктуация верна.
Верно: одна из причин, по которым... ; причина, по которой...
Наука не возражает. Это корректное сочетание для разговорной речи, в ситуации непринужденного общения. Но в образцовой литературной речи его, пожалуй, всё-таки лучше избегать.
Уточните, пожалуйста, Ваш вопрос. Вы имеете в виду что-то связанное с графическим выделением (подчеркивать — проводить черту под текстом, буквой) или использование слова подчеркивать в переносном значении 'обращать внимание на важность чего-либо'?
