Понятие уточнения комплексное, сочетает в себе смысловой и коммуникативный аспекты, то есть касается как передачи соотношения понятий, так и интонационного выделения (акцентирования) каких-либо слов и сочетаний, выражающих эти понятия. Различие между вторым и третьим примерами состоит в том, что в одном из них вначале названо более широкое понятие (словоформой в университете), затем более узкое (словоформой в библиотеке), в другом — наоборот. Это влечет за собой различия в функциях второй словоформы: если во втором примере перед нами классический случай сужения понятия и вторая словоформа служит уточняющим обстоятельством, то в третьем примере словоформа в университете играет роль несогласованного определения к существительному библиотека.

Первый и четвертый примеры различаются тем, какие сочетания в них интонационно выделены, — в зависимости от этого меняются смысловые отношения между сочетаниями. Имеет значение также позиция обстоятельств в предложении. В первом примере конечная позиция сочетания в библиотеке при университете (к слову, это сочетание существительного с несогласованным определением) говорит скорее о том, что это сочетание несет на себе логическое ударение и содержит важную, а не дополнительную, попутную информацию. Такое может происходить, например, если место работы не единственное, сравним: Она была на работе в библиотеке при университете, а не в лаборатории. Если же общий контекст диктует автору поставить логическое ударение на словоформу на работе, а сочетание в библиотеке при университете представить как уточнение, ему ничто не мешает это сделать: Она была на работе, в библиотеке при университете. В четвертом примере словоформа в офисе находится в позиции уточняющего обстоятельства. Однако в более широком контексте, например при сопоставлении, это может оказаться не так, сравним: На работе в офисе он постоянно дремал, а на работе в университете иногда бывал энергичным — здесь в офисе невозможно счесть словоформой, несущей попутную информацию, и выделить запятыми.

Как видим, при решении, является ли какое-либо слово (сочетание) уточняющим по отношению к другому слову (сочетанию), нужно учитывать и смысловые отношения между этими сочетаниями, и общий контекст предложения.

Указанные в скобках запятые в обоих предложениях не нужны. Название должности играет роль приложения к имени собственному, а не наоборот. Имя собственное может играть роль приложения к названию должности, если является попутным пояснением, что к приведенным случаям не относится.

Постановка знаков препинания при сочетании на самом деле зависит от его значения, позиции, функции в предложении. Так, если на самом деле относится к какому-то одному слову и выполняет функцию усилительной частицы, оно не выделяется запятыми: Далекие, чужеродные, словно на самом деле (= действительно) иноземцы, сидели за столом Анискин и Лука… (В. Липатов). Не выделяется оно и в том случае, если употребляется для противопоставления «внешнего» и «внутреннего»: Я ответил, что совершенно не пугаюсь. Но на самом деле (= в действительности) мне было и страшно и обидно за нашу Землю (К. Паустовский). Если сочетание на самом деле относится ко всему предложению и имеет значение «собственно говоря, в самом деле», то оно выделяется запятыми как вводное: Что еще, на самом деле, человеку надо? (А. и Б. Стругацкие). 

Исследователи отмечают, что в современной устной речи сочетание на самом деле имеет нечеткое значение, которое трудно соотнести со значениями, приводимыми в справочниках и словарях, и часто служит заполнителем вступительной паузы, во время которой говорящий подбирает слова. Е. Ю. Викторова в своей статье приводит примеры из телепрограмм: Я хочу себя изменить. На самом деле я не знаю, как это сделать (Модный приговор. 27.09.2013); На самом деле, просто нет слов, очень неожиданно для нас (Ледниковый период. 29.12.2013) и др. Есть основания полагать, что в приведенном Вами примере как раз такое употребление сочетания на самом деле. Его пунктуационное оформление в этом случае неустойчиво, однако, поскольку «примеры из художественной литературы показывают, что слова «на самом деле» в подавляющем большинстве случаев не обособляются» (см. наш «Справочник по пунктуации»), мы бы не рекомендовали выделять его запятыми. 

Трудности употребления причастий и причастных оборотов обычно связаны: а) с выбором нужной формы причастия; б) с местом причастия или причастного оборота в предложении; в) с возможностью (или невозможностью) замены причастного оборота придаточным предложением и, наоборот, замены придаточного предложения причастным оборотом. Рассмотрим эти случаи.

1. Должны заменяться придаточными определительными предложениями обороты, включающие неправильные формы причастий. Нельзя: Организации, первыми заасфальтирующие подъездные пути к линии железной дороги, будут отмечены решением облисполкома. Следует: Организации, которые первыми асфальтируют подъездные пути к линии железной дороги, будут отмечены решением облисполкома.

2. К числу ошибок, связанных с выбором формы причастия, относятся ошибки в согласовании причастий. Не правильно, например: К числу лиц, подозреваемому в угоне автомашины, следует отнести гр. Сергеева И.М., ..., (причастие связано со словом к числу, что неправильно: подозреваться могут лица, т.е. люди, а не число. Следовало поставить вопрос: К числу лиц — каких? — и нужная форма причастия подозреваемых была бы сразу найдена). Неправильно также: По поручению месткома я связался с т. Громовым (находящийся сейчас в отпуске) и передал ему запрос. Подобный отказ от согласования причастия со словом, которому оно подчиняется, делает фразу нелитературной. Следовало сказать: ...я связался с т. Громовым, находящимся сейчас в отпуске....

3. Причиной стилистических ошибок иногда служит невнимание к грамматическим свойствам причастия — категории времени, вида, залога и связанным с ними оттенкам значения.

Неправильный выбор причастных форм можно наблюдать в следующих, например, предложениях: Монтаж турбины был выполнен на три недели ранее намечаемых планом сроков (следует: намеченных планом сроков); За книги, возвращающиеся в библиотеку в плохом состоянии, читатели несут материальную ответственность (следует: возвращаемые в библиотеку).

4. Причастный оборот, т.е. причастие с относящимися к нему словами, может находиться как перед определяемым словом, так и после него. Например: прочитанная мною книга и книга, прочитанная мною.

Грубым нарушением литературной нормы является такой, например, отрыв причастного оборота от определяемого слова: выполненный план заводом; сданный экзамен учеником.

Изменение места причастного оборота может быть вызвано стремлением избежать двузначности фразы. Предложение Все ждали выступления представителя завкома, присутствовавшего на собрании нуждается в правке, так как неясно, присутствовал на собрании весь завком или только один его представитель. Правильно: Все ждали выступления присутствовавшего на собрании представителя завкома.

5. Замена придаточного определительного предложения причастным оборотом целесообразна в следующих случаях:

а) при необходимости избежать повторения союзного слова, чаще всего слова который, в цепочке придаточных. Неудачно, например: В приказе директора завода, который был зачитан на общем собрании, изложены факты, которые взволновали многих. Замена одного или даже обоих придаточных вполне уместна. Например: В приказе директора завода, зачитанном на общем собрании, изложены факты, взволновавшие многих;

б) при необходимости устранить двусмысленность фразы, возникающую в том случае, когда союзное слово может быть соотнесено с двумя или несколькими предшествующими ему словами. Неудачно: В приказе начальника управления, который уже давно известен администрации фабрики, говорится... (неясно, давно известен приказ или начальник управления). Следует сказать: В приказе начальника управления, уже давно известном администрации фабрики, говорится....

6. Замена причастного оборота придаточным предложением целесообразна при необходимости избежать повторения однотипных причастий, особенно с суффиксами -ущ-, -ащ-, -ш-, -вш- (фраза может стать весьма неблагозвучной).

Использование придаточных определительных предложений становится единственным средством, если нужные по условиям контекста причастные формы не образуются вообще или являются неправильными.

7. Не соответствуют литературной норме и подлежат правке предложения, в которых причастные обороты и определительные придаточные предложения сочетаются как однородные составные части. Неправильно, например; Студенты, успешно сдавшие экзаменационную сессию, которые решили поехать в спортивно-оздоровительный лагерь, должны получить направление на кафедре физвоспитания. Варианты исправления: 1) студенты, которые успешно сдали сессию и решили поехать...; 2) студенты, сдавшие сессию и решившие поехать... .

Очень сомнительная ситуация, увы. Если в списке фразеологизмов, опубликованных на сайте ФИПИ, имеется сочетание только что, то выбравшему его ученику такой выбор не может быть засчитан за ошибку. Тем более что широкое понимание фразеологии, на котором настаивают многие ученые, позволяет обнаружить в приведенных Вами предложениях и другие фразеологизмы: например, с порога. См.: = С порога — сразу же после прихода куда-л. — Если бы кто-нибудь... с порога взглянул на них, то непременно заключил бы, что они сидят и миролюбиво разговоривают. Достоевский. (Фразеологический словарь современного русского литературного языка. Под ред. А. Н. Тихонова. М.: Наука, 2004. Т. 2. С. 80.)

"Надо отметить, что Советский Союз был империей" — сложноподчиненное предложение;  "Надо отметить: Советский Союз был империей" — бессоюзное сложное предложение. 

Примеры подобного рода отсутствуют в справочниках, как представляется, не случайно. В практике письма, если возникает необходимость в дополнительной «порции» слов автора, относящихся к одному и тому же фрагменту прямой речи, эта «порция» оформляется как отдельное предложение, с прописной буквы и с соответствующим порядком слов:

— Я не потерплю в своём доме, — сказала мама, — никаких животных, ни пушистых, ни лысых. — Она презрительно кивнула в сторону кота.

В данном случае слово наоборот не вводное. Оно грамматически, с помощью союза не... а, связано с предыдущей частью, по сути представляя собой отдельную грамматическую основу (наоборот = «предложение рождает спрос»). Соответственно, ставить запятую здесь нет оснований. Как Вы верно заметили, части предложения, связанные союзом и, объединяет вопросительная интонация: Почему сейчас не спрос рождает предложение, а наоборот и при чём тут покупки в интернете? Правда, такое высказывание довольно трудно для восприятия, поэтому его части лучше оформить как отдельные предложения: Почему сейчас не спрос рождает предложение, а наоборот? И при чём тут покупки в интернете? 

Корректно: совсем не скоро; Он поставил рекорды, которые совсем не скоро побьют. 

Слово совсем может подчеркивать как утвердительный (совсем неинтересно), так и отрицательный (совсем не интересно = а наоборот, скучно) характер высказывания. Однако в данном случае оно подчеркивает именно отрицание. 

У приставки сверх- в современном русском языке имеется несколько значений, как регулярных и продуктивных (например, с ее помощью образуются прилагательные со значением признака, который характеризуется высшей степенью проявления качества: сверхмощный, сверхобычный), так и нерегулярных (например, она выделяется в словах сверхъестественный, сверхчеловеческий, имеющих значение признака, который характеризуется превышением предела или меры, а также осуществлением вне пределов того, что названо мотивирующим именем существительным). Можем осторожно предположить, что термин сверхъестественное появился в русском языке в результате калькирования латинского Supranaturalismus (от лат. supra — «сверх», и naturalis — «природный», «естественный»).