Слово пятитысячная в сочетании со словом купюра — это прилагательное, поскольку обозначает признак, а не номер по порядку (в отличие, например, от сочетания пятитысячный участник).
Между частями сложного предложения запятая не нужна, так как части объединены общим обстоятельством вчера.
Запятая не нужна, а смысл прояснится в контексте.
Запятая не нужна. Подобные случаи соединения причастного оборота и деепричастного приводит Д. Э. Розенталь: Кучер, спавший опершись на локоть, начал пятить лошадей (Гонч.); Даже и Ласка, спавшая свернувшись кольцом в краю сена, неохотно встала (Л.Т.)
Учет сотрудниками и учет сотрудников - различающиеся по смыслу варианты.
Союз и никак не влияет на постановку запятых: выделяется запятыми с обеих сторон приложение, относящееся к имени собственному, если оно стоит после определяемого существительного. Ср. пример из справочника Д. Э. Розенталя «Пунктуация»: Чемодан внесли кучер Селифан, низенький человек в тулупчике, и лакей Петрушка, малый лет тридцати в подержанном сюртуке.