Если смысловой акцент падает на слова исходя из условий сделки (и они входят в состав сказуемого), запятая перед исходя не нужна.

Если акцент падает на слова советом директоров общества, то запятая перед исходя нужна.

Сочетания болотистая долина, мирная территория и военные склады могут рассматриваться как нарицательные наименования, в этом случае они пишутся со строчной буквы и не заключаются в кавычки. Однако в случае употребления этих сочетаний в роли топонимов с прописной буквы следует писать первое слово, а также все слова, употребленные не в прямом значении. Кавычки при этом не используются.

Что Вы называете йотированными окончаниями в приведенных примерах?

Эти местоимения нельзя считать "окончаниями", однако они употреблены в соответствующем каждому существительному грамматическом роде и числе, при этом определенные закономерности в склонении существительных и местоимений действительно существуют (в современном русском языке эти закономерности легче проследить по полным прилагательным).

Для обучения правописанию лучше пользоваться учебными пособиями, обращаясь при этом к справочным изданиям (справочникам) в справочных целях.

Это действительно частица, однако в приведенном примере уместно ее обособление. Частица вот в данном случае указывает на кого-, что-л., находящееся или происходящее перед глазами, в непосредственной близости или при рассказывании как бы перед глазами, но при этом употребляется в качестве самостоятельной предикативной единицы (то есть возможно отделить ее точкой, восклицательным знаком, использовать как самостоятельное предложение).

1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.

Слова вроде фарш употребляются во множественном числе нечасто, в основном в профессиональной речи. В обычных текстах для широкой аудитории рекомендуется использовать форму единственного числа:  ...в фарше «Говяжий» (Самара) и «Свиной».

Эти аббревиатуры могут использоваться в тексте при условии их предварительной расшифровки, если они не будут затруднять восприятие текста читателем. При этом употребление аббревиатуры должно быть обоснованным (например, уместно ее использовать в случае ее частого повторения, целесообразности экономии места на печатном листе и т. д.). 

Мы насчитали шесть.

Корректно: полных два месяца. При этом сказуемое лучше поставить в форме единственного числа: Прошло уже полных два месяца.