Все фамилии, кончающиеся на неударное а после согласных, склоняются по первому склонению (и мужской, и женский вариант): Кожары, Кожаре, Кожару, Кожарой.

Запятую ставить не нужно.

В строгой деловой речи принято формальное согласование, по мужскому роду, так как в официальной документации на первое место выдвигается информация о должности (безотносительно к полу лица): в лице директора Ивановой Марии Александровны, действующего на основании Устава.

Все верно, пишется Ы.

Из фамилий, оканчивающихся на -а, -я, которому предшествует согласный, не склоняются только фамилии французского происхождения с ударением на последнем слоге (Дюма́, Гавальда́, Золя́). Преимущественно не склоняются финские имена и фамилии, оканчивающиеся на -а неударное (хотя в ряде источников и их рекомендуется склонять). Фамилия Надикта к этим группам несклоняемых фамилий не относится и должна склоняться.

В первом предложении запятую можно поставить. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

Во втором предложении запятая не нужна.

В этом предложении необходимо обозначить границы обстоятельственного оборота и показать, с чем связано сочетание по общему правилу, сравним: 1) В случае расторжения договора по соглашению сторон, по общему правилу обязательства по нему считаются прекращенными с момента заключения соглашения (если обязательства считаются прекращенными по общему правилу); 2) В случае расторжения договора по соглашению сторон по общему правилу, обязательства по нему считаются прекращенными с момента заключения соглашения (если договор по соглашению сторон заключается по общему правилу). См. «Справочник по пунктуации». 

Это форма дательного падежа числительного, и это не ошибка, а следы употребления, когда-то широко распространенного, а ныне воспринимаемого как устаревшее. Числительные от пяти до десяти, числительные на -надцать, -дцать, -десят, а также сорок и сто могли употребляться в форме как винительного, так и дательного падежей после предлога по в составе конструкции с т. н. распределительным значением: раздали по двадцать рублей и раздали по двадцати рублей (ср. у Ф. М. Достоевского в «Братьях Карамазовых»: Иван Федорович подарил всем по десяти рублей). Употребление формы дательного падежа в составе этой конструкции частотно в текстах XVIII и XIX века, но в течение XX века постепенно сошло на нет. Однако существительные в составе этой конструкции и сейчас употребляются в форме именно дательного падежа (у всех по рублю). Поэтому те числовые обозначения, которые грамматически являются существительными (тысяча, миллион, миллиард), принимают в этой конструкции форму дательного падежа: у каждого по тысяче, по миллиону, по миллиарду.

Не склоняются французские фамилии с ударным конечным А (Дюма, Золя, Гавальда). Фамилия Кундера к их числу не принадлежит (это чешский писатель) и склоняется как существительное первого склонения (как слово гравюра).