Исчерпывающего списка слов и сочетаний, которые могут быть вводными или выполнять функцию обстоятельств в зависимости от решения автора, в доступных нам источниках не приводится. Очевидно, его составление — непростая исследовательская задача, требующая анализа большого массива текстовых данных. По предварительным подсчётам, список будет включать более двухсот единиц. Описание многих из таких слов приведено в «Справочнике по пунктуации» — с ним рекомендуется сверяться в каждом сомнительном случае. 

В справочниках не говорится особо о постановке знаков препинания при именных сказуемых с оценочным значением. В приведенных случаях оценочные слова попадают в позицию именной части составного сказуемого. Полагаем, что к ним применимы правила постановки тире между подлежащим и сказуемым, выраженными существительными.

Корректно: Но единственное, чего он действительно не понимает, это система... Обратите внимание, что сочетание система по поиску выглядит некорректным. К сожалению, мы не можем предложить вариантов на замену, потому что смысл сочетания не вполне ясен.

Двоеточие перед заключенной в кавычки цитатой ставить не нужно, потому что она играет роль приложения при существительном высказывание: Я понимаю смысл высказывания Л. Н. Толстого «Нам всегда кажется, что нас любят за то, что мы хороши. А не догадываемся, что любят нас оттого, что хороши те, кто нас любит» так...

Правило распространяется на наречия, образованные из сочетания предлога по и полных прилагательных или притяжательных местоимений (по-хорошему, по-моему, по-всякому). Один – особое слово, которое «совмещает в себе формальные признаки прилагательного с функциями количественного числительного» (определение академической «Русской грамматики»). Надо запомнить, что сочетание по одному в знач. 'поодиночке, следуя друг за другом' пишется раздельно: Кто хотит на Колыму – выходи по одному! Но: сделать сначала по-одному, затем по-другому.

В значении "после окончания" правильно: по окончании.

Наречие пишется через дефис: по-абазински.