Академическая грамматика («Русская грамматика», т. I, М., 1980 г., § 555, § 756) описывает слова типа нейросеть, нейролингвистический, нейроанатомия, нейрохирургия и т. п. как cложные слова с подчинительным (неравноправным) отношением основ. Они содержат опорный компонент (существительное или прилагательное) и связанную усеченную основу нейро- (← нейронный) с конкретизирующей функцией. Компонент нейро- нечленим и представляет собой корень, хотя многие сложения такого типа могут включать в себя интерфиксы (соединительные гласные), ср.: гели-о-терапия (гели- ← гелий).

У слова запасной производящим является существительное запас, образованное в общеславянский период префиксальным способом (приставка за-) от глагола пасти, который в то время имел значение ‘беречь, хранить’. До сих пор приставка за- и корень пас- узнаваемы и при собственно морфемном анализе выделяются на основе аналогического членения (см., например, «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

В современном языке глагол пасти имеет значение ‘заниматься присмотром за скотом и птицей во время выгона на подножный корм’. Непосредственные смысловые связи между словами пасти и запас утрачены. Поэтому при синхроническом словообразовательном анализе слово запас считается непроизводным, приставка в нем не выделяется, как и в других образованных от него словах.

Замечательный — это отглагольное прилагательное, образованное от глагола замечать с помощью суффикса -тельн-. Этимологически в производящем глаголе выделяются приставка за- и корень -мет-. Такое же членение рекомендуется и при собственно морфемном анализе.

В современном языке глагол заметить имеет значение ‘восприняв зрением, увидев, обратить внимание, выделить каким-л. образом для себя’, а глагол метить — ‘ставить отличительный знак, метку на ком-, чём-либо’. Смысловые связи между этими глаголами утрачены. Поэтому при синхроническом словообразовательном анализе приставка в самом слове замечать и в производных от него не выделяется.

Да, это однокоренные слова с корнем лини[й]-/линей-.

Запятая нужна.

Вопрос не имеет однозначного ответа. Исторически во всех названных словах общий корень, однако значения слов возникнуть и вникнуть утратили изначальную связь с семой "направленного движения куда-либо", этим можно объяснить невыделение приставок на синхронном уровне описания языка.

1. Корень, действительно, деревн-. В нем есть беглая гласная. Проверить можно, изменяя слово по падежам и числам: деревня - нет деревень.

2. Ответ аналогичен. Есть формы слов (не являющиеся отдельными, новыми словами): пять шишек, шесть кружек.

Данные примеры иллюстрируют не чередование в корне; это примеры разных (хотя и похожих внешне) корней.

Да, в языке есть много устойчивых слов, выражений, названий, неправильных с точки зрения науки, политики, дипломатии... Традиция в языке часто оказывается сильнее терминологической точности. То же касается и названий государств: в обиходной устной и письменной речи мы по-прежнему употребляем названия Южная Корея (хотя в официальных документах будет только Республика Корея), Белоруссия (хотя официальное название Республика Беларусь), Молдавия (хотя официально: Республика Молдова) и т. д.