Всегда я рад заметить разность Между Онегиным и мной... Пушкинские строки вкупе с разностью между двугривенным и пятиалтынным свидетельствуют о беспредельной широте понятий, именуемых словом разность. У слова разница смысловые границы еще бескрайнее, если можно так выразиться. Надо ли надеяться в этом случае на «раз и навсегда»? Даже когда речь идет о мячах, у автора остается право лексического выбора.

Падеж словоформы врача в этом контексте установить невозможно: вопрос кого? не различает винительный и родительный падежи. Глагол бояться действительно может присоединять в качестве зависимого слова одушевленное существительное в винительном падеже (боюсь маму). Правда, следует заметить, что, согласно справочнику Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке», такой вариант (бояться кого) имеет разговорную окраску. Нейтральная форма зависимого существительного при глаголе бояться — форма родительного падежа (боюсь мамы). 

К сожалению, Вы ошибаетесь. Сочетания родовых и видовых наименований в русском языке очень частотны: город Москва, месяц июнь, сеть Интернет, животное корова и т. д. Выражение июнь месяц неграмотным не является. Более того, это и подобные выражения получают фиксацию в словарях русского языка: http://gramota.ru/slovari/dic/?word=*%EC%E5%F1%FF%F6&all=x

Также должны заметить, что Песнь царя Соломона принято именовать именно так: Песнь песней.

Мы уже отвечали на этот вопрос. См. 319303

Фамилия Дядя не осознается как иностранная. 

Изредка мы получаем вопросы, авторы которых желают получить не правильный ответ, а ответ, который соответствует их ожиданиям. Можем заметить, что носитель фамилии имеет полное право настаивать на несклоняемости своей фамилии, однако в этом случае он быть готов к тому, что из косвенных падежей будет выводиться неверная форма именительного падежа фамилии. Например: увольнение Александра Дядя (уволен Александр Дядь). 

Словарной кодификации в нормативных орфоэпических словарях это слово пока что не имеет. Для того чтобы установить в целях кодификации место ударения у незнакомого слова, нужно узнать, на какой слог обычно ставят ударение те люди, которые используют это слово. Слово демодекс, очевидно, используют дерматологи и косметологи. Если ориентироваться на видео (в поиске Яндекса), то можно заметить, что профессионалы ставят ударение на второй слог — демо́декс. Такое ударение не противоречит законам современного русского произношения.

Буква Ё всегда занимала особое место в русском алфавите, она с самого начала воспринималась как факультативная, необязательная. Об этом красноречиво говорит следующий факт: однажды была сделана попытка закрепить обязательность употребления буквы Ё, причем сделана она была Сталиным в 1942 году. Это случилось после того, как Сталину принесли на подпись постановление, где рядом стояли две фамилии военачальников: Огнёв (написанная без буквы Ё) и Огнев. Понять, кто где, было невозможно, поэтому вождь усомнился в полноте орфографических правил, и скоро все советские газеты начали выходить с буквой Ё, были напечатаны орфографические словари с буквой Ё. И даже несмотря на это, уже через несколько лет, еще при жизни Сталина, букву Ё снова перестали печатать. Факультативность буквы Ё была закреплена официально в «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года, которые действуют до сих пор.

Во втором предложении обе запятые не нужны, однородные обстоятельства для ускорения процесса оплаты и недопущения срыва запланированных сроков проведения экспертизы не нуждаются в обособлении.

Здесь два вопроса: о написании и о предпочтительном порядке следования компонентов.

Сначала о написании. Неизменяемые приложения присоединяются дефисом, если они предшествуют главному (склоняемому) слову: интернет-страничка, FTP-протокол, http-запрос и т. д.

Что касается порядка следования компонентов, то в большинстве новых технических терминов сохраняется тот же порядок, что и в языке-источнике - английском. Это значит, что приложение чаще всего предшествует склоняемому слову, хотя и обратный порядок не под запретом.

Корректно: он был третьим по счету. Подобные вопросы можно адресовать "Русской грамматике" (М., 1980) и практическим пособиям по литературному редактированию (например, книгам Д. Э. Розенталя).