Корректно: мэр Москвы, мэр города Москвы.
Корректно: ...учреждению Великого Новгорода. В канцелярской речи: ...города Великого Новгорода.
В образцовой литературной речи названия городов склоняются в сочетании со словом город: лицей города Лобни. Но в официальных документах название должно указываться в соответствии с тем, как оно зарегистрировано.
Разрушаясь, например при перестановке компонентов, фразеологический оборот превращается в свободное сочетание, и запятая ставится на общих основаниях. Но в Вашем предложении запятая все же не нужна, потому что оборот как рыба тесно связан со сказуемым, которое без сравнительного оборота не имеет законченного смысла.
Единства в словарных рекомендациях нет. Согласно словарю Е. А. Левашова «Географические названия» (СПб., 2000) Нягань – слово женского рода. Надо признать, что вариант (из) Нягани встречается гораздо чаще, нежели вариант (из) Няганя.
Правильно: в Астрахани и (в канцелярской речи) в городе Астрахани. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Да, склоняются. См. в «Письмовнике».
Об этом см. в «Письмовнике».
