Это тот случай, когда между авторами морфемных и словообразовательных словарей нет разногласий: в слове молоток корень молот-. Семантическая связь слов молот и молоток очевидна, словообразовательные отношения ясны.

Если однородным членам не предшествует обобщающее слово, то двоеточие ставится только в том случае, когда необходимо предупредить читателя, что дальше следует перечисление. Корректно: Убиты: подполковник Калитин, капитан Фёдоров...

Правильно: притоки р. Иртыш. Приложения – географические названия обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают (река – женского рода, Иртыш – мужского). Ср.: притоки р. Волги.

Существует термин "буквенное наращение": когда мы пишем число цифрами и буквами: 6-е, в 5-м, из 20-го и т. д. В иных случаях о "наращивании" букв обычно не говорят.

Здесь тот случай, когда название, написанное латиницей, уместно заключить в кавычки. Кавычки помогут читателю понять, что восклицательный знак является частью названия. Корректно: Мы создали компанию «HelpMe!». Затем мы...

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают (как в приведенном примере). Поэтому верно: в селе Николаевка.

Случаи, когда написание, принятое в официальных документах, отличается от зафиксированного в словарях русского языка, не редкость. Академический «Русский орфографический словарь» (4-е изд. М., 2012) фиксирует слитное написание: особоохраняемый.

Интуиция Вас не обманывает. Приложение отделяется одиночным тире, если относится к одному из однородных членов предложения.

Также возможен вариант, когда слова материнская компания ООО «В» заключаются в скобки.

Здесь сочетание в свою очередь употреблено в роли члена предложения в значении «со своей стороны, в ответ, когда наступила очередь» и не требует обособления, см. «Справочник по пунктуации».