Такое оформление цитаты вполне корректно: Алекс шел по той самой улице, что «цветом своим удивляла глаза. Тут были и белые домики, и мрачные муралы, и полупрозрачные стекла квартир. Люди шли неспешно, словно вчера ничего не произошло».

Запятая нужна. См. параграф 136 «Правил русской орфографии и пунктуации».

1. Полными синонимами в школьной практике называют слова с тождественным значением (например, автомашина и автомобиль), неполными - слова с близкими значениями и стилистическими различиями (глаза и гляделки). Однако в действительности научная проблематика синонимии гораздо шире.

2. Термин "синоним" в таком значении не используется.

Да, эта фамилия склоняется (и мужская, и женская).

Слово набухший в речи может быть как причастием, так и прилагательным. Ср.: Она не плакала, но глаза ее были красными, а веки набухшими и Внизу на уровне третьего этажа ветер силился раскачать набухший от дождя плакат. Образуется оно от основы пр. времени глагола сов. вида набухнуть  – набух (ср.: набухла, набухли). 

Если слова автора распадаются по смыслу на две части, которые относятся к разным частям прямой речи, то после слов автора ставятся двоеточие и тире.

- Благодарю Вас, - проговорила она своим мягким голосом, затем подняла глаза и добавила: – Меня зовут Анна.

"Я главный иженер, - сказал он и тут же исправился: - Точнее, был главным".

Эти слова различаются по значению. Рыбий – 1) принадлежащий рыбе: рыбья чешуя, рыбий хвост, рыбий жир (жидкий жир из печени тресковых рыб); 2) бесстрастный, холодный ('как у рыбы'): рыбьи глаза, рыбья натура (холодная натура). Рыбный – 1) относящийся к рыбе, связанный с ней: рыбный запах, рыбная промышленность; 2) приготовленный из рыбы, с рыбой: рыбный суп, рыбные котлеты, рыбные пироги; 3) богатый рыбой: рыбные места.

Корректно: ...только если вы проходите главу 4 (часть 2) или более позднюю главу; ...только если вы проходите часть 2 главы 4 или более позднюю главу.