Знаки препинания расставлены верно. Правило таково: если главная часть сложноподчиненного предложения находится внутри придаточной (в разговорном стиле речи), то запятая обычно ставится только после главной части (а перед ней не ставится).
По основному правилу между частями сложноподчиненного предложения ставится запятая. При усилении вопросительного характера предложения для подчеркивания необычности расположения придаточной части перед главной вместо запятой может ставиться тире (как в приведенных случаях).
Перед придаточной частью, присоединенной союзом несмотря на то что, запятая нужна: Лошадь начала уставать, а с него пот катился градом, несмотря на то что он поминутно был по пояс в снегу.
В данном случае следует писать: ...куда бы вы ни направлялись. Частица ни употребляется перед сказуемым в придаточных предложениях для усиления утвердительного смысла (подробнее читайте в «Правилах русской орфографии и пунктуации».)
Союз когда явно относится здесь к обеим частям, соединенным союзом и, а значит, перед нами однородные придаточные: После этого, когда рост гор продолжился и вершины набрали высоту 3-4 тыс. метров, последовало оледенение...
Деепричастия и деепричастные обороты не обособляются, если деепричастие в составе определительной придаточной части имеет в качестве зависимого слова союзное слово который. Верно: Желание, играя на котором можно сделать из подростков послушных кукол.
Вы правы, запятая нужна только после слова княжества. Во времена Моцарта – самое обыкновенное обстоятельство. (Интересно: если учитель считает это придаточной частью, то где, с его точки зрения, подчинительный союз или союзное слово?)
В независимых восклицательных предложениях пишется не: Где я только не был! Кого я только не встречал! В придаточных предложениях пишется ни: Где я только ни был, так и не смог найти любимую.
В этом случае часть я понимала относится к обеим придаточным, связанным союзом и, так что запятая перед ним не ставится: ...я понимала, что это большая ответственность и мне не хватает необходимых знаний.
Запятая перед союзом и не нужна, так как он связывает две однородные придаточные части; главная часть при этом достраивается: [Мы расскажем,] почему дети боятся темноты и при чем тут поиски страшных книг.