Здесь нет ошибки: в русском языке довольно свободный порядок слов, и части составных союзов вполне могут разделяться несколькими словами, например: Я только тогда бываю спокоен, когда она сидит у меня на коленях и я пою ей: «Ой за гаем, гаем!» (Л. Вертинская). Мы потому так подробно остановились на этой ситуации с проблемой четырех красок, что, знай о ней Витгенштейн, она привлекла бы его внимание (В. Успенский).

Оборот тогда и только тогда — специфическая формулировка, которая используется чаще всего в математике, логике и философии и часто выносится в начало предложения.

Корректно: Но единственное, чего он действительно не понимает, это система... Обратите внимание, что сочетание система по поиску выглядит некорректным. К сожалению, мы не можем предложить вариантов на замену, потому что смысл сочетания не вполне ясен.

Предложение содержит ошибку. Корректно: Он любит фехтование, но уже не занимается им.

Запятые не требуются: В уходящем году мы искренне радовались успехам, сообща преодолевали трудности и достигли действительно высоких результатов. 

Сказуемое в Вашем предложении — был готов провалиться сквозь землю. Фразеологизм принято рассматривать как один член предложения, так как он представляет собой цельное по смыслу сочетание слов.

Ваша пунктуация верна. Буквенное наращение и запятая после цифр не нужны. О подобной ситуации мы подробно рассказали в ответе на вопрос № 257051.

В орфографии и школьной традиции в слове предлагать выделяется корень с чередованием -лаг- (ср. предложить), соответственно пред- рассматривается как приставка (см., например, здесь). Безусловно, такое членение на современном этапе развития русского языка можно поставить под сомнение, есть основания выделять корень предлаг-. Составители пособия следуют за школьной традицией. 

С проблемами морфемного членения мы сталкиваемся и при разборе слова воплотить. Связь с родственным словом плоть не является очевидной. Однако если иметь в виду, что плоть понимается не только как 'тело живых существ', но и как 'материальное воплощение, проявление в вещественных образах, формах' (см. словарное толкование), то становится понятно, что в слове воплотить выделяется корень -плот-. 

Мы отвечаем на вопросы о русском языке.

Мы бы не стали включать это слово в список словарных слов. 

Корректно: Дети отвечают на вопрос: «Кем ты хочешь стать в будущем?», и они отвечают: «Мы хотим стать смелыми, мужественными, сильными».

Правила оформления прямой речи можно найти в справочнике Д. Э. Розенталя, раздел «Пунктуация».