После номера пункта обычно ставится точка или скобка. Если текст пункта начинается с большой буквы, то точка ставится и после номера, и в конце фразы.

Да, это сложносочиненное предложение, но запятая не нужна. Запятая перед союзами и, да (в значении «и»), или, либо в сложносочиненном предложении не ставится, если соединяемые ими предложения имеют общий второстепенный член или общее придаточное предложение (в данном случае – общее придаточное Как Вы прекрасно понимаете).

Разница прежде всего в том, что ПТУ – буквенная аббревиатура (т. е. читается по названиям букв: [пэтэу]), а вуз – звуковая (т. е. читается не по названиям букв – [вэузэ] – а как обычное слово). Впрочем, подавляющее большинство аббревиатур – и буквенных, и звуковых – пишутся прописными буквами. Строчными буквами пишутся только некоторые (немногие) звуковые аббревиатуры, давно существующие в языке и воспринимаемые уже не как аббревиатуры, а как обычные слова: вуз, втуз, дот (от долговременная огневая точка), дзот. Отдельные звуковые аббревиатуры могут писаться и прописными, и строчными буквами: ЗАГС и загс. Отдельные буквенные аббревиатуры могут писаться двояко – по буквам и по их названиям: БТР и бэтээр. В случае возникновения сомнений следует обращаться к орфографическому словарю.

Из истории: традиции написания аббревиатуры вуз строчными буквами – уже более полувека. В «Справочнике по орфографии и пунктуации для работников печати» К. И. Былинского и Н. Н. Никольского (М., 1952) читаем: «...Сложные сокращенные слова, обозначающие нарицательное имя и читаемые не по названиям букв, а как обычные слова, пишутся строчными буквами: вуз, вузы, нэп, при нэпе и др.». 

Возможный вариант пунктуации:

Но если малыш жалуется на головную боль или он постоянно капризничает, и к вечеру у него резко поднимается температура, и таким образом ребенок реагирует на полученную травму - в этих случаях родители должны незамедлительно обратиться в ближайшее отделение приемного покоя.

Обратите внимание: сочетание "отделение приемного покоя" некорректно!