Корректно: Он обладал особой, неузнаваемой даже с близкого расстояния внешностью. 

Ваши размышления о написании наречий в целом верны. Однако правомерность сочетания хитрая уверенность вызывает большие сомнения. 

В словарях сочетание в том числе представлено лишь как присоединительный союз, который имеет значение «включая что-либо, кого-либо» и употребляется в предложениях типа Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В приведенном Вами предложении это сочетание имеет другое значение — «не только, но и». В таком значении сочетание в том числе сегодня активно употребляется в текстах публицистического и официально-делового стилей, и едва ли его можно назвать ошибочным, несмотря на отсутствие в словарях. 

В приведенном предложении обособление сочетания в том числе не требуется. См. также ответ на вопрос 311098.

Слово боль обычно употребляется в формах единственного числа. В форме множественного числа оно получает дополнительное значение подчеркнутой длительности (ср., например, страдание и страдания). Таким образом, предложения типа у пациента головные боли обозначают неоднократные длительные болезненные состояния.

1. Да, тире в этом случае интонационное.

2. Слово постановление в тексте документа пишется со строчной буквы, а с прописной начинается название постановления, например: В соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации «О порядке формирования и утверждения списка нормативных словарей, справочников и грамматик, фиксирующих нормы современного русского литературного языка при его использовании в качестве государственного языка Российской Федерации, внесении изменений в Положение о Правительственной комиссии по русскому языку и признании утратившими силу некоторых актов Правительства Российской Федерации»...

Корректность фразы Нечего с тобой поделать можно оценить только в конкретном контексте.

Фраза Видела тебя вчера в метро, но не успела поздороваться вполне корректна.

Да, смешение разных способов написания дат в одном тексте допустимо.
 

Лучше так:

1.4. Ведущий инженер технического бюро должен знать:
- действующие государственные нормативные и юридические акты и другие руководящие материалы, связанные с эксплуатацией электроустановок;
- межотраслевые правила по охране труда (МПОТ) при эксплуатации электроустановок;
- правила эксплуатации электроустановок потребителей (ПЭЭП).

Вы правы, родовое слово село обычно упоминается в общих правилах о склонении географических названий, но примеров с таким словом немного. Кроме того, некоторые рекомендации, приведенные в справочных пособиях, противоречат друг другу.

Однозначно можно утверждать, что не изменяются в сочетании со словом село топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно: за селом Быково, о селе Николино, а также названия, внешняя форма которых соответствует форме мн. числа: в селе Ходуны. Обычно не изменяются и названия среднего рода, оканчивающиеся на -о, -е, типа Молодечно, Миронежье: в селе Молодечно, из села Миронежье.

Непротиворечивыми примерами для общего правила «склонять» будут названия среднего рода, являющиеся по своему происхождению прилагательными: в селе Шушенском, из села Михайловского, в селе Красном (такие названия следует отличать от описанной выше группы).

Что касается названий сел женского рода, то здесь рекомендации справочных пособий разнятся: в одних источниках такие названия в сочетании со словом село даны как склоняемые (в селе Соломинке), в других указывается на тенденцию к несклоняемости географического названия при несовпадении его рода с родом обобщающего нарицательного слова. Впрочем, это именно тенденция, а не жесткое правило.

Что касается противоречия между современной нормой и склонением села Горюхина в названии известного произведения А. С. Пушкина, то нужно помнить, что раньше склоняемость охватывала большее число собственных имен, чем сейчас. Склонялись и такие названия, которые нам сейчас кажутся «железно» несклоняемыми. Например, у А. Н. Радищева можно прочитать: «Рафаэль из Урбина», сейчас итальянское название Урбино никому не придет в голову изменять по падежам. Во времена Пушкина склонение названий на -ово, -ево, -ино, -ыно в сочетании с родовым словом было нормой.

О Дмитрии - правильно.  Слова мужского рода на -ий имеют в предложном падеже окончание и, а не е.