Знаки препинания в предложении расставлены корректно. 

Это предложение с прямой речью внутри авторских слов. Правилен первый из приведенных Вами вариантов: Ирина взглянула на дверь: «Ну, кошка! Опять разодрала её?» — и отвела взгляд, стараясь не кипятиться.

Правильно: Вначале я не поверила своим глазам и только после сравнения дат проведения операции и наградных документов на представление отца к ордену Красной Звезды поняла, что теперь в истории нашей семьи есть ещё одно подлинное свидетельство военной поры о боевом пути нашего дорогого солдата — старшего сержанта Красной армии Ивана Яковлевича Киливаева.

В этих предложениях возможны обе трактовки, но более вероятна вторая (обособленное приложение с дополнительным обстоятельственным значением причины): Как хранитель, я могу рассказать секрет... Оборот с союзом как в значении «в качестве» будет уместен только в контексте противопоставления, например: Как хранитель я могу рассказать секрет, а в другой роли мне важно молчать.

Увы, это вопрос не к лингвистам, а к разработчикам автоматизированной системы тестов. Вероятно, проще всего не ставить знаки препинания в конце элементов перечня, но нужно понимать, что это будет нарушением норм оформления текста. 

Корректно оформить некоторые части предложений как вставные конструкции: 1. На защите итоговых проектов ученик был увлечён своей темой — у него горели глаза — и с большим энтузиазмом показывал нам на проекторе слайды, отражающие основные тезисы его работы. 2. Радио, которое работало у бабушки на кухне днями напролёт (нас с сестрой это всегда раздражало), вдруг притихло, и мы были поражены наступившему молчанию.

В этой разговорной конструкции уместно поставить тире (см. ответ на вопрос 301804) либо, как вариант, запятую. О характере сочетания я сказал в подобных контекстах см. ответ на вопрос 312745.

Знаки препинания правильно расставлены во втором случае.

С одной стороны, сочетание и даже довольно часто открывает присоединительную конструкцию (как в предложении Некогда он служил в гусарах, и даже счастливо), а это аргумент в пользу запятой. С другой — отношения внутри ряда явно однородные (перечисляются части тела), что позволяет говорить о том, что союз и здесь является соединительным, а не присоединительным, а значит, с учетом общей структуры ряда, запятая не нужна: Тело компенсирует эту неравномерность в других областях, что может вызвать структурное напряжение в верхней части спины и в области плеч и даже в пояснице и в тазобедренных суставах.

Если прямая речь выполняет функцию какого-либо члена предложения, двоеточие перед ней не ставится: Сначала это значило «Кого назвала — тот и захотел» (здесь прямая речь, представляющая собой «перевод» реально сказанных слов, замещает позицию дополнения). Глаголы и глагольные словосочетания, обозначающие движения и выражения лица (к ним относятся и тянуть руки, и глаза светились), могут использоваться в качестве слов, вводящих прямую речь: Но через пару занятий студенты уже сами начали тянуть руки, глаза светились: «Я хочу!»