Ваш вариант постановки знаков соответствует правилам, но с коммуникативной точки зрения вызывает вопросы разрыв прямой речи перед несогласованным определением с крышей, относящимся к существительному дом. Рекомендуется контактная позиция этого определения: «Построй нам дом с крышей, — просили они, — и дай нам тень и прохладу в лето и в зиму тепло».
Кавычки не требуются, сокращение от имени пишется со строчной. Верно: ОАО им. Горького.
У буквы л уже давно наряду с традиционным наименованием «эль» появился почти официальный вариант «эл», возникший в результате выравнивания нестандартного названия буквы «эль» (с мягкой финалью) по типу названий с твердой финалью («эн», «эм», «эс», «эр», «эф»).
Корректно: Многоквартирные жилые дома по 2-му Портовому переулку.
Оба варианта правильны.
В сочетании КГУ им. К. Э. Циолковского требуется ставить пробел после точки в графическом сокращении им., а также пробелы между инициалами К. Э. и фамилией Циолковского.
Да, запятые нужны.
Запятая не требуется.
Корректно: двухэтажного дома на улице такой-то; двухэтажного дома, расположенного по такому-то адресу.
