Корректно: Это был если не лучший, то самый запомнившийся день в его жизни. В предложении есть двойной союз если не... то. Запятая перед первой частью двойного союза не ставится. 

Ставить запятую после союза (а хотя — союз) нет оснований. Если нужно передать паузу в эмоциональной речи, можно использовать многоточие: Хотя... Какое это имеет значение, если это уже произошло?

Действительно, если союз или имеет пояснительное значение (синонимичен союзу то есть), то перед ним ставится запятая. См. примечание 1 к параграфу 23.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

122">http://www.gramota.ru/spravka/punctum/58122

В СЛУЧАЕ(,) ЕСЛИ, союз

Придаточные предложения, присоединяемые союзом «в случае(,) если», выделяются (или отделяются) запятыми. При этом союз может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «если»). О факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в Прил. 3.

Но в случае, если заблагорассудите сделать из сего моего письма какое-либо употребление, всепокорнейше прошу никак имени моего не упоминать... А. Пушкин, Повести покойного Ивана Петровича Белкина. В случае если присяжные закатают меня, то я обращусь к своему старому другу… А. Чехов, Ночь перед судом. Интересно знать, в случае если нам придется бежать, пойдет она с нами или нет? В. Обручев, Земля Санникова. Жилец приказал Анфисе, преданной и давней домашней работнице Анны Францевны, сказать, в случае если ему будут звонить, что он вернется через десять минут, и ушел вместе с корректным милиционером в белых перчатках. М. Булгаков, Мастер и Маргарита. В случае, если мы уберем войска из Курляндии, на каждую немецкую дивизию под Берлином будет приходиться по крайней мере три русские. Ю. Семенов, Семнадцать мгновений весны.

Нужны обе запятые. Таким образом – вводное сочетание, ввиду того что – составной подчинительный союз, начинающий придаточное предложение. Наличие перед союзом вводного слова – одно из условий расчленения союза (постановки запятой между его частями).

Если между определениями стоит разделительный союз, существительное ставится в форме единственного числа: изучение английского или испанского языка. При соединительном союзе и нет помех для множественного числа: изучение английского и испанского языков.

Запятая на стыке союзов ставится, если после первого союза (и) следует одиночный союз в придаточной части (чтобы). Верно: На каждого жителя государство выделяет определенную сумму, и, чтобы пролечить кверулянта, придется ущемить другого пациента.

Запятая после потому нужна. Составной подчинительный союз (потому что) расчленяется и запятая ставится между частями союза, если перед составным союзом есть усилительные, ограничительные и другие частицы, вводные слова, наречия (в данном случае – частица только).

Это выражение нужно обособить как вводное. Следует отметить, что, поскольку союз И в приведенном примере употреблен в присоединительном значении, после этого союза запятую ставить не нужно (иначе говоря, запятая ставится только после вводных слов).