В словосочетании «На Берлин» предлог на употреблен в одном из своих обычных значений: "Употр. при указании на предмет, место, реже явление или человека, в сторону к-рых направлено движение, действие, к-рые являются ориентиром движения, распространения чего-л. Син. по направлению к. Идти несов. (бежать несов., ехать несов., плыть несов., лететь несов., спешить зд. несов., броситься, держать несов. курс …) на восток (юг, стук, свет, звук, крик, шум, меня …); дорога на Москву …
Свойственные разговорной речи конструкции типа "поставки на Европу", "самолет на Японию" и т. п., очевидно, связаны с попытками говорящих проявить, подчеркнуть именно это значение: поставки, ориентированные на Европу; самолет, летящий по направлению к Японии.
Верно: здания в Юхариной балке. Со словом балка в значении 'овраг, ложбина, лощина' следует употреблять предлог в.
Если сотрудница стала начальником отдела и главным бухгалтером, то верно: принята на должность начальника отдела — главного бухгалтера.
Правильно: товар в наличии.
Корректно: служа науке или на службе у науки.
Указанная запятая нужна. Также вместо нее можно поставить тире.
Корректно: приглашаем на работу в офис, но работа в офисе.
Заключать в кавычки это устойчивое выражение не требуется.
Вариант На фото была та самая врач допустим. Но лучше: На фото была та самая женщина-врач.
Из эти вариантов лучше: не брала на себя обязанностей сторожа.