1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.

Слово плательщик  образовано от глагола платить  с помощью суффикса -льщик. В подавляющем большинстве случаев конечная гласная основы инфинитива сохраняется перед этим суффиксом: болеть – болельщик, вязать – вязальщик, носить – носильщик. Однако в некоторых словах происходит изменение гласных (говоря сухим научным языком –  мена гласных финалей исходной основы), при этом в двух словах – образованиях от глаголов платить и молиться – происходит мена И – Е: платить – плательщик, молиться – молельщик. Таковы хитросплетения русской грамматики.

Слово указ пишется с большой буквы как первое слово официального названия документа, например: Указ Президента Российской Федерации «О назначении на должность и освобождении от должности военнослужащих, сотрудников и работников некоторых федеральных государственных органов». При неофициальном употреблении, при употреблении во множественном числе правильно написание строчными, например: президент России подписал указ (в газетном тексте, неофициальное употребление); указы президента (мн. число).

Наименования актов Правительства Российской Федерации пишутся со строчной буквы (если это не начало заголовка): Постановление Правительства Российской Федерации от 23.12.2020 № 2226 «О внесении изменений в постановление Правительства Российской Федерации от 23 июня 2011 г. № 498».

Слово распоряжение также пишется со строчной, если это не начало заголовка: Распоряжение Президента Российской Федерации от 19.07.2020 № 181-рп «О внесении изменений в распоряжение Президента Российской Федерации от 4 ноября 2019 г. № 372-рп "О проведении Петербургского международного юридического форума"».

Вы правы, запятая здесь не нужна. Обстоятельственные обороты, начинающиеся конструкцией «по + имя существительное в предложном падеже» и обозначающие действие, событие, после которого что-либо происходит (по завершении... по истечении... по окончании... по прошествии...), обычно не обособляются. Но запятые ставятся, если оборот носит характер уточнения, пояснения (часто при употреблении после слов «потом», «теперь» и др.), ср.: потом, по завершении измерений, ...

День России — поясняющее приложение к существительному праздник, оно согласуется с ним и обособляется: В связи с праздником — Днем России — 12 июня режим работы будет изменен.

Правильно: договоры оформлены на физических лиц. Следует, впрочем, отметить, что наименование физическое лицо может быть уподоблено сочетаниям действующее лицо, должностное лицо, для которых норма допускает изменение по образцу как одушевленных, так и неодушевленных существительных (см., например: Еськова Н. А. Краткий словарь трудностей русского языка. Грамматические формы. Ударение. М., 2014. С. 188). С этим связаны и колебания в образовании формы винительного падежа множественного числа. В речевой практике, однако, решительно преобладает форма винительного падежа, совпадающая с формой родительного.

Корректно. Но, возможно, стоит поискать стилистически более удачный оборот.