Если уж закрепилось такое необычное название (вместо логичного Новогрудинино, которое соответствовало бы названию старой деревни — Грудинино), то его надо склонять по образцу топонимов женского рода типа Гатчина: приехали в Новогрудинину. Сочетания типа *приехали в Новогрудинина не соответствуют грамматической норме русского языка.
Вселенная пишется с большой буквы как астрономический термин (в знач. «космос, мироздание»): строение Вселенной, тайны Вселенной. В знач. 'вся земля, все страны' это слово пишется с маленькой буквы.
Директор утвердил своим приказом сам акт или его копию? От этого зависит выбор варианта.
Да, эти названия уместно заключить в кавычки.
Правильно: отдельно стоящая.
См. здесь.
Можно и склонять, и не склонять Парголово.
Обособление не требуется.
Правильно: микрорайон Агашкина Гора.
Это пример тавтологии.
