Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Это вопрос не по адресу.

Деепричастный оборот, стоящий после сочинительного или подчинительного союза либо союзного слова, отделяется от него запятой (такой оборот можно «оторвать» от союза и переставить в другое место предложения). Ср.: Жизнь устроена так дьявольски, что, не умея ненавидеть, невозможно искренне любить (М. Г.).

Относительно подобных предложений единой точки зрения нет. Одни ученые считают, что в том случае, когда инфинитив находится в начале предложения, а после группы инфинитива есть пауза, предложение двусоставное — в отличие от случая, когда инфинитив находится после слова категории состояния (тогда предложение оказывается безличным). Так говорилось в академической Грамматике 1954 г. и в целом ряде других изданий. Другие считают, что в обоих случаях предложение безличное (и лично мне эта точка зрения ближе), а пауза объясняется тем, что препозитивный инфинитив становится темой (но не подлежащим) и предложение в целом становится коммуникативно расчлененным.

Таким образом, универсального правильного ответа на этот вопрос нет. Если это вопрос, связанный с тестовым заданием, школьными занятиями и т. п., нужно искать ответ в программе, на которую опирается система тестов, учебнике, который принят в данной школе, и т. д.

Предлог включая и союз в том числе различаются грамматически — принадлежат к разным частям речи; включая, как и любой предлог, требует определенного падежа существительного (включая кого-что-л.), союз в том числе, как и любой союз, такого свойства не имеет. ЧТо касается значения, то в словарях можно найти указание, что предлог включая синонимичен союзу в том числе, а также толкование предлога включая через в том числе. Судя по этим данным, значение у рассматриваемых единиц одно и то же. Особо следует сказать о сочетании в их числе. Это сочетание образует так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен: ...в их числе — JZ; ...в их числе JZ.