Дополнительные знаки препинания не нужны. Обратите внимание, что смысл оборота имела в своем развитии колоссальные периоды времени неясен, мы рекомендуем изменить формулировку.

Правильно в кавычках: парк "Ладожские шхеры". 

См. в "Письмовнике": Реальные собственные имена и условные наименования различаются синтаксической сочетаемостью. Ср.: Большой театр, Театр сатиры, Театр на Юго-Западе – это реальные собственные имена, в них присутствует синтаксическая сочетаемость, кавычки не нужны. Но: театр «Современник», театр «Школа современной пьесы» – условные наименования, не сочетающиеся синтаксически с родовым словом. Они заключаются в кавычки. Аналогично: парк Дружбы, но: парк «Сокольники», Коммунистическая партия Российской Федерации, но: партия «Яблоко» и т. д.

Вы правильно расставили знаки препинания в предложении.

Для взрослого очевидно, что фраза всё доедал сообщает о действии папы с достаточной полнотой. Ребенку могут быть необходимы уточнения, не оставляющие никаких сомнений в том, как обычно поступал папа за завтраком, обедом и ужином в детском саду.

В обоих предложениях никакой знак препинания после слова воробьи не нужен.

На это предложение есть несколько возражений.

Во-первых, слово поп в русском языке обозначает именно православного священника, причем не является нейтральным. В словарях оно дано с пометой «разговорное» и нередко используется в контекстах, где речь идет о каких-либо негативных качествах священника (жадность, наглость и др.).

Во-вторых, папа римский — это не просто священнослужитель, это глава католической церкви. Слово поп такого значения не передает.

В-третьих, Вы сами пишете: по устоявшейся традиции. Традиции в языке очень сильны, и сочетание папа римский давно устоялось в русском языке для обозначения главы католической церкви. Нет никакого смысла это менять, да язык и сам не позволил бы нам это сделать.

Литературная норма не изменилась.