Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

Запятые не нужны. Деепричастие здесь употребляется в значении обстоятельства образа действия (ср.: без спешки).

Запятая перед и не требуется: Вчера она написала мне, что рано утром прилетает в Москву и что я должен встретить ее.

Иду - однократное действие, хожу - многократное. Т. е. употребление в этой фразе глагола хожу означало бы неоднократный выход во двор в течение утра для зарядки.

По основному правилу в обоих случаях запятая перед и не требуется.

Автор может поставить тире перед словами и пред дорогой исчезала, и след цепочкою оставил, чтобы подчеркнуть их, сделать на них акцент.

Верно: обеспечиваются не менее чем тремя постами, не менее чем двумя инструкторами.

Верный вариант: 1. Слово apple переводится как «яблоко». 2. Имя Алли образовано от слова «аллигатор». 3. Имя Корделиус похоже на фамилию Корнелиус.

В этом случае этикетные фразы являются скорее подлинными выражениями, играющими роль дополнений при глаголе говорить, а потому двоеточие перед этими фразами излишне: Ну неужели трудно сказать «доброе утро», «приятного аппетита»? Эти фразы можно рассматривать и как прямую речь внутри слов автора (см. параграф 136 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), но в этом случае следует написать их с прописной буквы: Ну неужели трудно сказать: «Доброе утро», «Приятного аппетита»?

Первое предложение бессоюзное. В бессоюзных предложениях между частями ставится тире, если в первой части предложения есть указание на время или условие совершения действия, обозначенного во второй части.

Второе предложение сложноподчиненное с придаточным условным. В этом случае по основному правилу между частями предложения ставится запятая. Если придаточная часть предшествует главной, постановка тире между частями также допустима.