В обоих случаях запятые нужны. Оборот со значением отождествления, приравнивания не выделяется, когда речь идет о каком-то предмете, человеке. В Ваших предложениях сравнительные обороты уточняют, конкретизируют признак (плотный, сумрачно). Они не образуют смысловой центр высказывания, а вводят некоторый дополнительный смысл. 

Союз как имеет здесь значение «в качестве», а значит, оборот с этим союзом не обособляется; поскольку однородные подлежащие выражены инфинитивами, между подлежащим и сказуемым ставится тире: Ваша задача как врача — не только лечить болезни, но и предотвращать их.

В данном случае необходимо использовать предлог «с», поскольку Мальта - это островное государство, и, выезжая с него, мы покидаем его территорию. Если же речь идет о выезде из города Мальта, то в этом случае используется предлог «из».

Если имеется родовое слово, то правильно не склонять: из города Колпино. Если же родового слова нет, то возможны оба варианта, склоняемый и несклоняемый: в Колпино и в Колпине. В "Письмовнике" приводится подробная статья "Как склонять географические названия?".

В этом предложении запятые расставлены корректно. Заметим, что запятая перед словом приказываю факультативна: оборот с производным предлогом в соответствии с обособлять не обязательно. Однако в данном случае обособить его уместно, чтобы в тексте не создавалось сочетание от 12.12.2024 приказываю.

Тире поставлено на месте пропущенного сказуемого выделяются (это тире в неполном предложении), запятыми выделен присоединительный оборот, заключающий в себе добавочные, сообщаемые попутно сведения (см. параграф 85 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Вы корректно расставили знаки препинания, запятые нужны. Сочетание произошла перемена как по мановению волшебной палочки не фразеологизм, иначе говоря — сравнительный оборот не является компонентом фразеологизма, в отличие от сочетаний типа глуп как пробка или вертится как белка в колесе.

Для использования прописных букв нет оснований: В 1553 году по приговору женевской консистории был казнён за еретические взгляды испанский богослов, философ и учёный Мигель Сервет. В 1542 году в городе была основана консистория [англ.] — орган религиозного управления, совет главных служителей.

Обычно используют форму множественного числа: в окрестностях. Могут говорить об окрестностях села, города, деревни, Санкт-Петербурга, Москвы, Кемерова. В этом случае употребляется словосочетание, в котором зависимое существительное стоит в форме родительного падежа. Следовательно, правильно, в соответствии с литературной нормой: в окрестностях Афимьина.