Вопрос 222101 дополнен. Спасибо за замечание.

Как мы и писали ранее, литературная норма предполагает склонение обеих частей наименования: народный поэт Республики Калмыкии, глава Республики Калмыкии.

Наше замечание о том, что «в официально-деловой речи, в документах название часто остается в именительном падеже» следует понимать таким образом: варианты типа *народный поэт Республики Калмыкия, *глава Республики Калмыкия и проч. не соответствуют литературной норме, но частая их употребительность в текстах официального характера свидетельствует о том, что постепенно складывается особая норма, стилистически и жанрово ограниченная; однако такая норма нигде не зафиксирована.

Вы правы в том, что в приведенных примерах деепричастие учитывая употреблено некорректно. Во всех трех случаях лучше использовать условное придаточное: Если учесть, что… Но деепричастие при этом не перестает быть деепричастием. Предлог не может подчинять изъяснительное придаточное, на это способно только знаменательное слово с определенным значением.

Некорректность употребления деепричастия заключается в следующем. Действие, обозначаемое деепричастием, должно выполняться тем же субъектом, что и действие, обозначенное глаголом-сказуемым. Но сочетание не может учитывать (в первом примере), словообразование — тоже (второй пример), стратегия — тоже (третий пример). Именно несоблюдение этого правила вы ошибочно именуете «согласованием со сказуемым» (согласования в грамматическом смысле здесь нет).

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Слово конвоир образовано от существительного конвой с помощью суффикса -ир, окончание нулевое: конво-ир-Ø. По этой словообразовательной модели образуются названия лиц по отношению к предмету, учреждению, группировке или по характерному занятию, названному производящим словом.

Суффикс-ир имеет варианты -ер/-онер/-[je]p: бригад-ир ← бригад-а; легион-ер ← легион; милици-онер ← милици[j-а]; гондо[л’-j]ер ← гондол-а.

При образовании слова конвоир в корне происходит чередование й с нулем звука: конвой → конво-ир (ср.: милици[j-а] → милици-онер).

Слово конструкция — это отглагольное существительное, которое совмещает в своем значении присущее глаголу значение действия со значением существительного как части речи. Производящий глагол — конструировать (производящая основа — конструирова-), словообразовательный суффикс — -ци[j], окончание — [а]: консткук- ци[j-а].

Суффикс -ци[j] имеет варианты: -аци[j]- / -ици[j]- / -енци[j]- /-и[j]; в орфографической записи это слова на -иция, -ация, -яция, -енция, -ия- (репет-иция ← репет-ировать; деград-ация ← деград-ировать; компил-яция ← компил-ировать; конкур-енция ← конкур-ировать; амнистия ← амнист-ировать). Во всех случаях в процессе словообразования происходит усечение основы производящего глагола: репетирова-ть, деградирова-ть, компилирова-ть, конкурирова-ть, амнистирова-ть и т. п. Образование слова конструкция имеет редкую особенность: происходит не только усечение производящей основы (конструирова-ть), но и наращение в производной: усеченная основа констру- превращается в конструк-. Большинство грамматистов рассматривают  конструк- как вариант корня (констру-/конструк-), хотя можно считать элемент -к- интерфиксом (асемантической вкладкой). При любом подходе элемент -к- не является самостоятельной морфемой.

Слово помощник образовано от слова помощь, которое было заимствовано в литературный язык из церковнославянского, где оно произносилось сначала с [шч’], потом  с мягким шипящим [ш’] и соответственно писалось с буквой щ. Но в древнерусском языке, в частности в тех его диалектах, которые составили основу литературного языка (например, в московском говоре), исконным было другое произношение – с мягким [ч’], которое и передавалось буквой ч: помочь. Соответственно возникли параллельные формы с разной огласовкой, но с одинаковым значением – ц.-сл. помощь, помощник и рус. помочь, помочник. Примерно в XV–XVI вв. во многих русских говорах в сочетании [ч’н] произошло фонетическое изменение [ч’] в [ш] и возникло произношение, которое сохраняется в так называемом старомосковском варианте литературного произношения: ср. ску[ш]ный, коне[ш]но, яи[ш]ница и т. д. В этот ряд вписывается и слово помо[ш]ник, которое сохраняет старомосковское произношение с [ш], но пишется с щ, продолжая традицию церковнославянского написания. Так возникло отмеченное Вами несоответствие написания и произношения в данном слове. Похожая ситуация имеет место и в слове всенощная, в котором произношение с [ш’] считается, согласно «Большому орфоэпическому словарю русского языка», недопустимым.

С точки зрения теории русского письма, это явление можно назвать нарушением слогового принципа русского графики, согласно которому звук [ш] должен обозначаться буквой «ш». Называть «подменой», как это сделали Вы, не стоит.