Верно: в городе Белоярском.
Верно: в городе Холме (как и в городе Орле).
Верно: Бресте. См. в «Письмовнике».
Правильно: в городе Москве. В официальных документах можно встретить несклоняемый вариант. См. подробно в «Письмовнике».
Ответ на вопрос зависит от того, как и на каком основании выделяют корень. Этимологический корень в слове образованы — -раз-. При собственно морфемном анализе этот корень выделяется в словах раз, разить, образ, образовать, поразить, поражение, сразить, сразу, сообразный и др., см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой. При таком подходе для слова образованы (краткое причастие к образованный) проверочными будут раз, сообразный и другие слова, перечисленные в словарной статье для корня -раз- и имеющие ударение на а.
При словообразовательном анализе, основанном на семантическом анализе отношений между словами в современном русском языке, многие приставочные образования от этимологического корня считаются непроизводными, а следовательно — неоднокоренными, в частности это слова с корнями раз- и образ-. При таком подходе для слов образованный (образованы) подобрать проверочное слово нельзя, это словарное слово, написание которого надо запомнить.
Изучение правил правописания безударных гласных в корне облегчается при опоре на собственно морфемный анализ, так как количество слов, написание которых необходимо запомнить, сокращается.
В сочетаниях типа все не так плохо, все равно, где понятно из ближайшего контекста, что читать нужно всё, букву ё вполне можно не писать.