Необходимость запятой между однородными придаточными частями, соединенными бессоюзной связью, не вызывает сомнений, тогда как уместность тире сомнительна. Рекомендуем не ставить его: Молчание в холодном зале говорит ему лишь о том, что его перерыв скоро кончится, скоро вновь возвращаться за стол.

Корректно: проводится тремя различными методами (доходным, затратным и сравнительным), каждый из которых...

Это сложносочиненное предложение, между его частями ставитя запятая.

Правильно: И через морозный и терпкий бензиновый и скотий запах, и через пахучую сладость и горечь женской косметики они оба чуяли дух близкого человека.

Некоторые однородные члены, соединенные союзом и, в этом предложении объединены в пары: морозный и терпкий, бензиновый и скотий, сладость и горечь. При этом определения морозный и терпкий с одной стороны и бензиновый и скотий с другой стороны не являются однородными, так как обозначают разные признаки.

1. Определения, характеризующие предмет с разных сторон, однородны, если в условиях контекста объединяются каким-либо общим признаком, например сходством производимого ими впечатления.

2. Оборот с союзом то есть выделяется запятыми с двух сторон. Ироничность самопоправки можно выразить с помощью других знаков, например: Он сам ненамеренно — то есть намеренно — сделал всё, чтобы она думала о нём именно так!

При «встрече» сочинительного союза и подчинительного (или союзного слова) запятая между ними ставится или не ставится в зависимости от некоторых условий. Основанием для непостановки запятой служит то обстоятельство, что вторую придаточную часть нельзя без ущерба для смысла изъять из текста или переставить в другое место — в конец сложноподчиненного предложения. Так, запятая, как правило, не ставится после противительного союза а, даже если дальше не следует вторая часть двойного союза то, поскольку ни изъятие, ни перестановка придаточной части невозможны без перестройки главной части: Печально поглядывал он по сторонам, и ему становилось невыносимо жаль и небо, и землю, и лес, а когда самая высокая нотка свирели пронеслась протяжно в воздухе и задрожала, как голос плачущего человека, ему стало чрезвычайно горько и обидно на непорядок, который заменился в природе (Ч.). О союзе но в этом правиле не упоминается, и, на наш взгляд, в предложениях с таким союзом изъятие или перестановка придаточной части вполне возможны, поэтому запятая должна быть поставлена: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но, что бы он ни думал, я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе (ср.: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе, что бы он ни думал). В интересующем Вас предложении запятая нужна: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий, мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты (ср.: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий). 

Во всех случаях правильно с не. 

Правильно: Люция, будь она неладна, совершенно не отдает себе отчета в своих действиях: она сделала огромную глупость, поступив с нами совершенно не по-человечески. Хотя я знаю: в душе она не такая, у нее доброе сердце. Просто на нее влияет дурное общество, вот она и меняется на глазах. 

В данном сложном предложении 4 простых.
Это сложносочиненное предложение с подчинением.