1. Лучше (наречие) горькая правда, чем сладкая ложь.

2. Больше (наречие) науки — умнее руки.

3. Наша литература нам ближе и понятнее (прилагательные), хотя менее зависит от времени и истории музыка.

Ваш прием допустим. В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой (М., 2014) есть рекомендация заключать в прямые квадратные скобки расшифровки местоимений и аббревиатур (§ 8.6.3). Информацию о режиссере и годе выхода фильма можно рассматривать как расшифровку-уточнение. 

Иначе вводятся в цитату разъяснение цитирующим непонятных мест цитаты, словесные попутные замечания об отношении цитирующего к слову или словосочетанию цитаты, например: «В мозгу (от чтения. — К. Ч.) завелись тараканы», «Богатырского роста старики, их тяжелые руки, их мощные лбы (так! — Л. А.)». После тире даются курсивом инициалы имени и фамилии цитирующего (в приведенных примерах это Корней Чуковский и Лев Аннинский), вместо инициалов может быть поставлено сокращенное обозначение Ред. или Пер. — редактор или переводчик (§ 29.3.5, 29.3.6).  

Корректно: мост через реку Зею.

Лучше всего: с собой, при себе.

С точки зрения русского языка глагол течь многозначен, поэтому нет ничего странного в таких его значениях, как "перемещать, нести свои воды (о реке, ручье и т. п.)" и "перемещаться по специально оборудованным коммуникациям (о жидкостях, паре, газе и т. д.). Слышно, как вода течёт по трубам. Газ течёт по трубопроводу. Электричество течёт по проводам". Кстати, существительное ток также образвано от глагола течь. 

Это косвенные дополнения.

Согласны с большинством. Обособить нужно ряд определений уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке, так как они оторваны от определяемого слова она. Сомнения могут быть связаны с тем, является ли данное сочетание определением или входит в состав сказуемого. Если бы не было обстоятельства времени, то могло быть так: Нарцисса выходит на палубу уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке. В таком предложении один смысловой центр, фразовое ударение падает на однородные компоненты. Но обстоятельство времени не позволяет включить оборот в состав сказуемого, в предложении образуется два смысловых центра, два фразовых ударения: Нарцисса выходит на палубу спустя полчаса / уже полностью одетая и с чашкой горячего чая в руке. 

Корректно: 1. Положить мяч между большими пальцами ног, между коленями (между больших пальцов ног, между колен/коленей — устаревший и разговорный вариант). 3. Стопы́ ног. 3. » - оба варианта правильные, но «стопы» более употребительно. 4. По́дняли и подня́ли — оба варианты верны, но первый предпочтитетелен. 4. Ладонь — ладони, ладошка — ладошки. 5.Опереться о пол, опереться головой о руки. 

К чему относится отрицание не – к прилагательному (т. е. об оружии сообщается, что оно является нелетальным) или ко всему сочетанию (т. е. о чем-либо сообщается, что оно не является летальным оружием)? Если не относится к прилагательному, верно слитное написание, если ко всему сочетанию – раздельное.