Опираясь на многочисленные примеры из художественных текстов, можно утверждать, что в конструкциях, начинающихся частицей «только и» и содержащих союз «что», перед союзом последовательно ставится запятая. Да, в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» указано: запятая не ставится перед союзом что в выражении только и… что, за которым следует существительное или местоимение: Только и денег что пятак в кармане; Только и всего что рубашка на теле; Только и развлечений что кино раз в неделю; Только и свету что в окошке; Только и разговоров что о них двоих. Однако примеры из художественной литературы опровергают эту рекомендацию, они свидетельствуют о том, что и в этих случаях перед союзом ставится запятая: Только и света, что внучки! А кто их знает, какие они будут? И. Гончаров, Обрыв. За многочисленными столиками гул стоял, только и разговоров, что о последних событиях в столице. В. Шишков, Емельян Пугачев. Так что запятую в подобных конструкциях предпочтительно ставить.

Корректно в ед. ч.: взаимодействие. Обратите внимание: региональное и муниципальное руководство – это то же, что руководство на местах. Лучше оставить что-то одно.

1.1. Продуктивные отложения представлены гравийно-галечным материалом... Слово гравийно-галечный содержится в нормативных словарях, пишется через дефис.
1.2. ...характеризуются как хорошо промывистые. Наречие хорошо с прилагательным пишется раздельно.
2. Поверхность мелкозернистая, мелкоямчатая... Слово мелкозернистый содержится в нормативных словарях, аналогично пишется терминологическое прилагательное мелкоямчатый.
3. Торфы глубокозалегающей россыпи... Слово глубокозалегающий содержится в нормативных словарях, пишется слитно.
Для справки рекомендуем пользоваться Орфографическим академическим ресурсом «Академос».

Знаки препинания расставлены верно.

Запятая перед тире нужна, так как необходимо закрыть придаточное предложение что государство не способно функционировать без централизации. Заметим, однако, что в данном случае между частями бессоюзного сложного предложения лучше поставить двоеточие, так как вторая часть имеет значение причины, обоснования: Следует с особой осторожностью внимать тем, кто утверждает, что государство не способно функционировать без централизации: в этом случае, сами того не осознавая, люди обычно ведут речь о централизации правительственной власти.

В нормативных правовых актах употребительно: в ФСБ России, в ФСТЭК России.

Короткий ответ на Ваш вопрос примерно таков. Буква э неслучайно появилась в русской кириллице только в эпоху Петра I — до этого времени в ней не было необходимости, так как звук этот (без сочетания с предшествующим [й], как в словах типа ель, поешь и т. п.) в исконно русских словах не встречался вовсе. Именно в эпоху массового заимствования русским языком слов из языков западноевропейских эта буква и понадобилась — и стала несомненным маркером заимствований. Против введения ее в алфавит яростно протестовал М. В. Ломоносов, писавший: "...ежели для иностранных выговоров вымышлять новые буквы, то будет наша азбука с китайскую". Последовательным сторонником использования буквы э в современном русском письме был Л. В. Щерба, который, однако, замечал: "Единственным оправданием правописания е вместо э в нарицательных заимствованных словах является постоянно протекающий процесс русификации этих слов. По мере их словарного освоения происходит и русификация их произношения, что, конечно, происходит чаще". Иначе говоря, произношение заимствованных слов со временем меняется. Теперь нормативно произношение слов типа музей, пионер, крем и т. п. с мягким согласным вместо изначального твердого. А периодически менять орфографию подобных заимствований было бы не слишком удобно. 

Союз между тем не выделяется запятыми подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

По всем примерам, связанным с обособлением деепричастий, см. соответствующую главу "Правил русской орфографии и пунктуации".

Такие образования разговорны.