Предложение не вполне ясно (не следует ли его как-то перестроить?), но запятую перед причастным оборотом поставить нужно.

Учительница неправа. Правильно: на день рождения. Вообще говоря, этому сочетанию не везет, его всячески искажают: пишут с буквой е на конце, пишут слитно, употребляют как слово среднего рода (*деньрождение, с деньрождением, мое деньрождение). Всё это грубейшие ошибки. На самом деле это обычное словосочетание, такое же, как, например, День города. Главное слово – день, зависимое – рождения (день чего? рождения, родительный падеж). Правильно: день рождения, на день рождения, с днем рождения, мой день рождения.

После оттого ставится запятая, если на это слово падает логическое ударение. В ином случае запятая не ставится.

Если объединить эти предложения, то принцип тот же. Если на оттого падает логическое ударение, то верно: ...а по принципам советской конторы оттого, что она, по сути, формировалась... Если оттого не выделяется интонацией, то верно: ...а по принципам советской конторы, оттого что она, по сути, формировалась...

Обратите внимание, что здесь не вполне ясно, какое слово заменяет местоимение она: группа или контора.

Нумерация склонений не имеет принципального значения. Но традиционно в школе к первому склонению относятся слова типа папа, мама, дядя, земля, т. е. слова мужского и женского рода с окончаниями -а, -я; ко второму склонению – слова мужского рода с нулевым окончанием и слова среднего рода с  окончаниями -о, -е, -ё (конь, нож, дерево, чудовище, ружьё). По академической же классификации – все наоборот: слова типа конь, нож, дерево, чудовище, ружьё считают первым склонением, слова папа, мама, дядя, земля – вторым. Вас учили по академической грамматике.

Запятая не нужна. Также не нужно обособление оборота быстрой монтажной фразой.

Сочетание и снова мальчик не является присоединительной конструкцией, потому что до перечисления кадров было сказано, что кадров три, и мальчик – третий ожидаемый кадр.

Объяснение правильное. Союз и соединяет однородные сказуемые шли и качали (волны шли и качали камушки), поэтому запятая перед ним не ставится.

Мы бы также выбрали третий вариант.

Грамматически предложение составлено верно, но стилистически оно небезупречно. Лучше так: В который раз убеждаюсь, что отличный способ поднять настроение — определённые физические нагрузки.