Вы правы, слово царь не является исконно русским.
Вероятно, от англ. curriculum «курс обучения, учебный план» (в образовательном учреждении).
Если имеются в виду два года (а не, например, учебный год), то верно: годы.
На наш взгляд, вполне достаточно: за особые успехи в изучении биологии. Слова учебный предмет лишние.
Скобки могут дополнять, пояснять или уточнять (конкретизировать понятие). В приведенном примере понятие, скорее, уточняется.
В слове убогонький пишется непроверяемый суффикс -оньк-, как в словах легонький, мягонький. Интересен вопрос, почему в орфографическом словаре зафиксирован только вариант убогонький и нет варианта убогенький, при том что есть легонький и легенький, мягонький и мягенький, пегонький и пегенький. Возможно, произносительный вариант убогенький в докомпьютерную эпоху просто не попал в картотеку лексикографов. О Вашей лексической находке мы сообщили редактору академического «Русского орфографического словаря». Для внесения слова в словарь нужно изучить весь комплекс слов с подобной орфограммой. Лексикографы будут этим заниматься. Пока можно сказать, что некоторые основания для фиксации варианта убогенький есть: слово встречается в текстах, мы обнаружили упоминания его в некоторых старых руководствах по орфографии и в «Словаре трудностей произношения и ударения в современном русском языке» К. С. Горбачевича (СПб.: Норинт, 2000). Спасибо за Ваш вопрос!
Верно: стоимость изготовления одного дополнительного, 6-го (шестого) комплекта рабочей документации.
Верно: пересолеННый, переперчеННый.