Да, сохраняются.

Чередование о // а регулярно происходит в корнях глаголов при присоединении к ним суффикса -ива/-ыва (со значением длительного или регулярно повторяющегося действия): ходить/хаживать, носить/нашивать и т. п. Однако из этого правила есть исключения. Например, для пары оспоривать/оспаривать еще в первой половине XIX века был нормативен только первый вариант ("Хвалу и клевету приемли равнодушно / И не оспоривай глупца”, А. С. Пушкин). Сегодня нормативны только варианты приурочивать, уполномочивать, подытоживать, просрочивать, узаконивать, упрочивать.

Чередование т // ч также относится к историческим, оно происходило под влиянием звука [j], например: свет > свет + ja > свеча.

В Вашем предложении запятые не нужны. Но нужно исправить запись приобретение комплекта Клавиатура+мышь Acer. Если в ней дано официальное название, то оно должно быть заключено в кавычки: приобретение комплекта «Клавиатура+мышь» Acer или «Клавиатура+мышь Acer». Если это сочетание – не название, то лучше слова в нем согласовать, например, так: приобретение комплекта из клавиатуры и мыши Acer.

Падеж зависит от того, какая формулировка использована в начале документа. Если дополнительное соглашение заключили..., тогда далее корректно использовать именительный падеж: Колобкова Наталья Михайловна с одной стороны и Носова Марина Сергеевна с другой. Если документ начинается со слов дополнительное соглашение заключено между..., то корректно использовать творительный падеж: Колобковой Натальей Михайловной с одной стороны и Носовой Мариной Сергеевной с другой.
 

Числа в цифровой форме делят пробелами на группы (по три цифры) справа налево. Технические правила набора дают указание разбивать на группы числа только начиная с 5-значных (см. Наборные и фотонаборные процессы, М., 1983, п. 2.3.9), а «Основные математические обозначения (СЭВ PC 2625—70)» не делают исключения и для 4-значных чисел.

Не разбиваются на группы цифры в числах, обозначающих номер (после знака номера), в марках машин и механизмов, в обозначениях нормативных документов (стандарты, техн. условия). Например: № 89954.

Точку в пробелах между цифровыми группами многозначного числа ставить запрещается.

(А. Э. Мильчин, Л. К. Чельцова, Справочник издателя и автора)

Если на стыке основ образуется удвоенная согласная, то это удвоение должно сохраняться, чтобы, как писал М. В. Ломоносов, не закрывать следы произвождения и сложения речений. Ясность структуры слова особенно важна для терминов. Соединение основ фальш- и шток- должно образовывать слово фальшшток. Написание фальшток может быть воспринято как соединение основ фальш- и ток-. Конечно, удвоение ш нехарактерно для русского языка, поэтому у пишущего может возникнуть желание разделить части дефисом. Если бы существовала устойчивая традиция дефисного написания, то слово могло бы претендовать на включение в словарь с дефисом, как исключения из правила. Но в отсутствие такой традиции предпочтительно написание по правилу. 

Правило таково: в отглагольных прилагательных и причастиях на «гласная + н(н)ый», образованных от глаголов на -ать (-ять), пишется а (я): нечаянный, недослушанный, подержанный, выменянный, резаный, в словах, образованных от глаголов не на -ать (-ять), пишется е: укушенный, положенный, хоженый, крашеный.

Таким образом, правильно: отчаянный, т. к. это слово образовано от отчаяться. Написание буквы я в глаголе подчиняется следующему правилу: после гласных перед -ть пишутся буквы и или я. Буква и пишется после гласного о, напр.: стоить, строить, успокоить; буква я — после гласных а, е, у: лаять, таять, каяться, отчаяться, веять, надеяться, лелеять, сеять, затеять, чуять. Исключения: глаголы драить и клеить.

Корректно: вейп. Не в начале корня после согласного буква э пишется лишь в очень немногих словах (рэп, мэр, мэтр, сэр, пэр и некоторых других). Это именно исключения, расширение списка слов с э не соответствовало бы закономерностям русской орфографии.

Что касается второго слова, здесь сложно дать однозначную рекомендацию, т. к. единого правила нет. Одни новые иноязычные заимствования закрепляются в слитном написании, другие – в дефисном. Надо подождать, пока слово освоится языком. Пока можно сказать, что сложные существительные с первой частью, самостоятельно употребляющейся, и второй, самостоятельно не употребляющейся, чаще пишутся слитно, хотя из этого правила есть много исключений. Поэтому предпочтительный вариант: боксмод.

Вы правы, от имен, оканчивающихся на мягкие согласные, отчества образуются посредством присоединения суффиксов -евич, -евна; конечный мягкий знак при этом, как правило, опускается. Но от имени Эмиль образуется отчество Эмильевич. Такое написание отчества закреплено академическим «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой. Как в свое время объяснял В. В. Лопатин, наличие этого исключения связано с тем, что в нашей истории было два великих Эмильевича — Осип Мандельштам и Всеволод Мейерхольд. Их отчество пишется с мягким знаком, и именно в таком написании благодаря им оно закрепилось в нашей культуре и в нашем языке.

Между частями сложносочиненного предложения ставится тире, если вторая часть предложения заключает в себе значение результата, следствия, резкого противопоставления (чаще перед союзом и, реже перед союзами но, а (справочник "Правила русской орфографии и пунктуации" под ред. Лопатина). Поэтому в данном случае тире уместно.