В данном предложении оборот с предлогом кроме имеет значение включения в ряд подобных предметов. В настоящее время такие обороты рекомендуется выделять запятыми. Однако в прошлом обороты со значением включения знаками препинания не выделялись. 

Разницы в значении нет, запятая не нужна. Но автор текста в принципе имеет право поставить запятую, если под словами "вообще-то" он подразумевает "вообще говоря". На практике в этом случае запятая обычно не ставится.

Обе позиции имеют право на существование. Лингвистика – это наука, в ней, как и в любой другой науке, существуют до конца не решенные вопросы, присутствуют разные точки зрения, ведутся острые дискуссии по некоторым вопросам.

Такие написания не следует расценивать как нарушение орфографической нормы. Правило о недопустимости написания букв Я, Ю, Ы после шипящих не распространяется на иноязычные собственные имена, а также на сложносокращенные слова и буквенные аббревиатуры.

Обстоятельственные обороты с предлогом на протяжении обычно не обособляются. Также этот оборот не имеет характера добавочных сведений, сообщаемых попутно, поэтому его нельзя рассматривать как присоединительный член предложения. Следовательно, для постановки запятых нет оснований.

В нарицательном существительном ведомость (и, соответственно, в имени собственном «Ведомости») предпочтительно сохранять ударение в формах косвенных падежей мн. числа на корне: ведомостей (это строгая литературная норма), но допустимо и переносить на окончание: ведомостей.

В названиях министерств с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому, если бы такое министерство в нашей стране существовало, оно бы называлось Министерство питания Российской Федерации.

Ссылаться нужно не на правило, а на словари. В тех случаях, когда существительные второго склонения имеют в форме именительного падежа множественного числа ударное окончание -А, это обычно указывается в лингвистических словарях. См. здесь.

Определительный оборот (в т. ч. причастный), стоящий после определительных местоимений (а все – определительное местоимение), обычно тесно примыкает к ним и запятой не отделяется. Запятые ставятся, только если оборот имеет характер пояснения или уточнения.