Да, это однокоренные слова с чередованием в корне. 

В корне сед(сес)/сид(сиж) без ударения пишется е перед твердым д, пишется и перед мягким д, напр.: седок, сидеть.

И с к л ю ч е н и я: е перед мягким: седельник, седельце, чересседельник, седельный; и перед твердым: сидушка, высидка, высидной, высидочный.

П р и м е ч а н и е 1. Под ударением может быть и и, и е: сидя, сесть, присед.

П р и м е ч а н и е 2. У корня сед- есть омоним: сед-ой.

П р и м е ч а н и е 3. Полный корень сед(сес)/сид(сиж)/сяд(сад), вариант сяд- выступает только под ударением: сяду, присядка.

П р и м е р ы. Слова с корнем сид[д’]-: сидеть (и с приставками: высидеть, досидеть(ся), засидеть(ся), насидеть(ся), обсидеть, отсидеть(ся), пересидеть, посидеть, подсидеть, просидеть, рассидеться) и производные (сиделец, сиделка, сиденье, сидмя, сидячий, посиделки и т. п.). Слова с корнем сед-: восседать (и с другими приставками: заседать, наседать, оседать, приседать, проседать), седлать (и с  приставками: переседлать, расседлать), дозаседаться, седалище, седалищный, седок, седло, заседатель, председатель.

Во-первых, вопрос о выделении корня может по-разному решаться при собственно морфемном и при словообразовательном анализе. А во-вторых, словообразовательный анализ может быть синхроническим и диахроническим, то есть его результаты зависят от того, рассматриваем мы язык одной определенной эпохи или же анализируем изменения в нем на протяжении какого-то отрезка времени. Поэтому результат членения на морфемы может быть разным — и при этом во всех случаях правильным.

При синхроническом словообразовательном анализе, результаты которого отражает «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова, в слове защита выделяется корень защит-, так как в современном языке семантические связи с корнем -щит- у этого слова утрачены.

При диахроническом словообразовательном анализе в глаголе защитить и в производном от него существительном защита выделяется корень -щит- (см., например, «Этимологический словарь» М. Фасмера).

При собственно морфемном анализе в слове защита тоже выделяется корень -щит- (см . «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

Чтобы понимать, какой тип анализа представлен в том или ином словаре, перед его использованием необходимо внимательно ознакомиться с предисловием. 

Краткие формы образуют только качественные прилагательные, причем далеко не все. Говоря о кратких формах качественных прилагательных, мы имеем в виду, что эти краткие формы: а) имеют окончания не прилагательных, а существительных (добр-Ø как стол-Ø, добр-а как стен-а и т. д.), б) изменяются по родам и числам, но не по падежам, в) выступают в роли сказуемого, но не определения. Таких кратких форм, взятых в совокупности названных признаков, у притяжательных прилагательных, как и у относительных, нет.

Однако если под краткостью понимать только первый из названных признаков, то следует указать, что в парадигме склонения притяжательных прилагательных объединены краткие и полные формы. К притяжательным прилагательным относят прилагательные с суффиксами -ин, -ов, -ий ([-й-]) и нулевым окончанием в начальной форме: мам-ин-Ø, отц-ов-Ø, лис-ий-Ø. В формах именительного и винительного (когда он совпадает с именительным) падежа всех родов и чисел эти прилагательные имеют окончания существительных, а не прилагательных, то есть краткие формы. То же касается форм родительного и дательного падежа мужского и среднего рода единственного числа прилагательных с суффиксом -ов: нет отцов-а сундук-а (ср. форму относительного прилагательного с другим окончанием: отцовск-ого сундук-а).

Правильно: подать апелляцию.

Подходящего существительного нет. Можно было бы использовать сочетание окончание действия, но оно изменит смысл, будет неточным. Слово окончание тоже не подходит: препарат заканчивается, но не оканчивается. Исходное предложение с придаточной частью наилучшим образом передает смысл.

Верно: подать иск к кому-либо.

Правильно: Подать ходатайство председателю комиссии.  

Возможны варианты, но лучше: прошу подать коньяк.