Обычно в подобных случаях написание зависит от размера подразделения и уровня в иерархии. Названия наиболее крупных подразделений в организациях с большим количеством подразделений, секторов, отделов, подотделов и проч. пишут с прописной буквы.

Правильно слитное написание.

Это ошибка в построении предложения с однородными членами – объединение в качестве однородных вещественно, логически неоднородных (несопоставимых) понятий. Сочетание и другие специалисты может завершать ряд однородных членов, в котором перечисляются представители различных специальностей, например: Медицинскую и социальную проблему борьбы с рахитом исследуют многие врачи-педиатры, гигиенисты, физиологи и другие специалисты. 

Обособление возможно.

Правильно: Однако перечень, сформированный в подпункте 19.6 НК РФ, не соответствует перечню организаций, указанных в подпункте... 

В этом случае приложения неоднородны, запятая не нужна. Обратите внимание, что почетное звание пишется с прописной буквы: Герой Советского Союза адмирал И. И. Иванов.

Употребление формы множественного числа корректно.

На первый взгляд может показаться, что значения прилагательных огородный и огороднический дают возможность охарактеризовать магазин обоими словами. Огородный — 'относящийся к огороду, связанный с ним'; огороднический — 'относящийся к огородничеству, огородникам'. Но прилагательное садово-огородный, соотносимое со словами сад и огород, закрепилось как характеристика магазина, а также инвентаря, инструментов для сада и огорода. Садово-огороднический употребительно в названиях таких организаций, как товарищество, объединение, кооператив и под. Рекомендуем придерживаться сложившейся практики словоупотребления.

Орфографически верно: завод «Красный вымпел». В названиях организаций, предприятий, состоящих из родового наименования и наименования, не сочетающегося с ним синтаксически, последнее заключается в кавычки и в нем пишутся с прописной буквы первое (или единственное) слово и собственные имена. Но в документах название организации должно быть написано так, как оно было зарегистрировано.

Орфографически верным было бы написание Общероссийский профсоюз образования: в названиях организаций с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные.  Однако в уставе организации второе слово названия тоже пишется с прописной. При оформлении документов название нужно писать в соответствии с тем, как оно зафиксировано в уставных документах.