Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Лучше: палец, пальцем.

В первой части предложения сравнительный оборот образует смысловой центр (смысл не в том, что полицмейстер заходит в лавки, а в том, как именно он это делает), а значит, тесно связан со сказуемым, что дает основание не обособлять его. Сравним примеры из Национального корпуса русского языка: Художники и гуманисты приходили к Козимо как к себе домой и чувствовали себя с ним совсем просто. [А. К. Дживелегов. Вазари и Италия (1933)] (здесь случай, подобный Вашему); А то я туда сунулся, как к себе домой, а там мужик какой-то незнакомый [А. Маринина. Не мешайте палачу (1996)] (смысловой центр первой части, важный для развития сюжета, образует сказуемое сунулся, оборот как к себе домой добавляет малосущественную характеристику).

Лучше всего будет, если значение разъяснят авторы документа. Думаем, имеется в виду земельный участок, на котором расположен колодец.

Относительное местоимение кой (который) является книжным. Словарями фиксируются формы женского рода коя и устаревшая кая.

Это исключение из правила.

Две буквы н пишутся в прилагательных, соотносимых с глаголом сов. вида, напр.: брошенный, возмущенный, данный, купленный, лишённый.

Исключения: конченый, названый (брат), посажёный (отец, мать), Прощёное воскресенье, прощёный (день, колодец).

Запятая перед и не нужна, т. к. есть общий второстепенный член – в саду.

Да, в живой современной речи словом девушка действительно называют любую молодую женщину. Но публицистика – это всё-таки не разговорная речь, в ней должны быть более жесткие нормы. Поэтому в заголовке новости лучше написать молодая женщина.