Ударение зависит от контекста и времени создания текста. 

Правильно: девочка организованна и серьезна. Организованна — краткая форма прилагательного организованный "отличающийся собранностью, самодисциплиной, умением действовать точно и планомерно". Ср. с кратким причастием: коференция организована университетом. 

В настоящее время рекомендуется слитное написание: минимаркет. Поэтому верно: кафе-минимаркет.

Как выяснилось в данном случае вводное сочетание, не образующее тесной связи с союзом а (сравним: Глеб боялся начальника, а это было излишне). Вводные сочетания выделяются с двух сторон запятыми: Ещё вчера Глеб боялся начальника, а, как выяснилось, это было излишне: шеф был неконфликтным, даже вроде готовым пойти на уступки.

Действительно, в данном случае запятая нужна. Сочетание нуждаются (,) как в воздухе не фразеологизм, здесь мы имеем дело с обычным сравнительным оборотом. Предложение Дети нуждаются в материнской любви само по себе выражает законченный смысл (сравнительный оборот лишь усиливает этот смысл), поэтому говорить о тесной связи оборота со сказуемым нуждаются также не приходится. 

Пунктуация верна. В этом предложении нужна одна запятая – после слова добродетель. Деепричастие, имеющее в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения, от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием.

Определения являются однородными и разделяются запятыми, если стоят после определяемого существительного (в этом положении каждое из определений непосредственно связано с существительным и имеет одинаковую смысловую самостоятельность). Вот аналогичные примеры: Я видел женщину молодую, прекрасную, добрую, интеллигентную, обаятельную (Ч.); Я буду тогда обладать истиной вечной, несомненной (Т.).

Исключениями являются терминологические сочетания, например: астра ранняя махровая.

Это предложение допускает двоякую интерпретацию. Если рассматривать инфинитив как синоним существительного плавание, его можно считать подлежащим. Если же краткое причастие рассматривать как синоним нельзя, можно считать предложение безличным с главным членом было запрещено плавать. Какую интерпретацию считают верной составители теста, угадать невозможно. Единственной подсказкой может быть учебник, на который составители ориентировались, но для этого надо знать, какой это учебник.