Неясно, как предложение может быть "перегружено" запятыми, если они стоят в соответствии с правилами. Постановка знаков препинания не всегда совпадает с интонацией. Существует три принципа пунктуации: грамматический, смысловой и интонационный. Основным считается грамматический. Он предписывает ставить знаки в предложении в соответствии с его грамматическим строением.

В последнее время в публичной речи наблюдается тенденция к "отдельности" предлога, он во многих случаях стал произносится с небольшой паузой между предлогом и знаменательным словом. Это объясняется не фонетическими, а грамматическими причинами. М. В. Панов называл такого рода явления "сигналами отдельнословности".  

Да, в таких случаях следует применять правила оформления перечней:

Корректно: 

Выберите предложения, в которых нет ошибки:

— Я заслужен сожаления;

— Он говорит о Наполеоне, даже оправдывая и восхищаясь им;

— Вернувшись в имение, его ждали разочарования;

— Уезжая из Москвы, я обещал вернуться. 

СИЛКИ́. ◊ Взять, схватить и т. д. под силки (устар. и прост.) — взять, схватить и т. д. под мышки. Саша успел вскочить и отправиться. — Ты меня схватил под силки, — сказал он, — а то бы никогда меня не повалил (А. С. Пушкин).

Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный или восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется: Разве вы не говорили: «Это [присуще] апостолам, это [присуще] великим святым, ибо кто другой может сотворить это?» См. параграф 66.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. 

Предлог свыше в такой конструкции делает ее аграмматичной, поскольку он требует от существительного формы родительного падежа, а глагол помочь — формы дательного падежа. Рекомендуется отредактировать предложение: Мы помогли более чем двум тысячам детей в сложной ситуации; Мы поддержали свыше двух тысяч детей в сложной ситуации.

Это выражение употребляется в значении: мысль, способ и т. п., помогающие разобраться в сложной обстановке, найти выход из какой-либо трудной, запутанной ситуации. Выражение возникло из древнегреческого мифа о Тезее, убившем Минотавра. Дочь критского царя Ариадна дала Тезею клубок ниток, чтобы он мог найти выход из лабиринта.

1. Лучше: аромат яблок. 2. Такого правила нет, следует поставить запятую. Слова опоздав почти на час могут выделяться скобками или тире с обеих сторон как вставная конструкция: Против обыкновения он пришел в мятом пиджаке и брюках (опоздав почти на час) и не подготовил доклад к заседанию.

Нужно исходить из авторского замысла. Т. е. если автор написал раздельно, то он имел в виду одно, а если слитно, то другое. Это адекватное отношение к авторскому тексту, здесь, как нам кажется, проблем быть не должно.

Трудности возникают, только если такие конструкции становятся материалом для диктанта, контрольной.