В таком списке корректно использование форм родительного падежа.
Не обособляется.
Правильно: сверх допустимых норм. Но глагол отклониться и существительное отклонение требуют предлога от: отклонение от допустимых норм.
Запятая после при этом не ставится.
Эти слова нельзя считать входящими в состав уточняющего оборота.
Согласно словарю «Русское словесное ударение», верно: по три (рассчитаться по три, всем взять по три рубля), но: по три-четыре рубля, по три или четырерубля, по три рубля пятьдесят копеек.
При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре (а также от составных числительных, оканчивающихся на указанные цифры), определение, находящееся между числительным и существительным, в современном языке ставится, как правило, в форме именительного падежа множественного числа.
Верно: существует три крупные ассоциации.
Верен второй вариант.
Фраза неудачна. Можно перефразировать: Заплатите в три раза меньший штраф.