С точки зрения системы современного русского языка слова «пчела» и «бык» не однокоренные. Однако исторически они восходят к одному корню и образованы от глагола  «бучать» – жужжать, мычать (по этимологическому словарю М. Фасмера). Согласно этимологическому словарю Н.М. Шанского, бык – «производное от звукоподражания той же основы, но с перегласовкой (бы – бу – бъ), что в букашка, пчела». Пчела, по тем же источникам, образована от старославянского «бъчела», восходящего к основе «бучать».

Да, наиболее распространенная этимологическая версия предполагает родство этих слов. Слова бык и пчела (из др.-рус. бъчела, бьчела) по происхождению являются звукоподражательными и связаны с глаголами бу́ча́ть ‘реветь’, ‘мычать’, ‘жужжать’, бу́кать ‘издавать глухие звуки’. Существуют, впрочем, и другие версии происхождения этих слов.

В сочетаниях с приложением, если одна из частей содержит пробел, вместо дефиса ставится тире: банк – эмитент карты.

1. Оба варианта правильны. Первый предпочтительнее, т. к. нет повторения слова день. 

2. Корректно слитное написание: облаков немного, т. к. можно заменить синонимом без не («мало»). Но при подчеркивании отрицания возможно раздельное написание.

В «Русской грамматике» особенностям употребления форм именительного и творительного падежей в составных именных сказуемых посвящен параграф 2235.

Корректно: От вопроса ефрейтора Бянкина Саня сморщился, словно он проглотил горсть клюквы, и стал доказывать, что он(,) как командир(,) ничего для них не жалел и не пожалеет, и что скоро вместе в бой пойдут, и что сердиться на него совершенно глупо, так как экипаж — одна семья.

Возможность выделения запятыми оборота как командир зависит от более широкого контекста: запятые нужны, если оборот имеет дополнительное обстоятельственное значение 'будучи командиром'.

Виждь = видь (по-церковнославянски). Слова вещий и внимать (внять) Вы найдете в электронных словарях на нашем портале.