Корректно только так: Муниципальному казенному общеобразовательному учреждению «Средняя образовательная школа № 12».

Слово мурал уже зафиксировано в академическом орфографическом словаре: мура́л, -а (уличная настенная живопись) и мура́ль, -и (настенная живопись в интерьере) [добавление 2023]; мура́л-а́рт, -а [добавление 2023]. 

Английское mural восходит к латинскому mūrālis, от mūrus 'стена', тогда как муравление — действие по глаголу муравить "спец. глазуровать, покрывать муравой", где мурава "спец. То же, что глазурь", происходит от персидского mūr "эмаль, глазурь". А вот глагол замуровать связан с тем же латинским mūrālis, от mūrus 'стена', хотя попал в русский язык этот корень через посредство польского, где имеется глагол murować (от mur «каменная стена»). 

Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

В средней школе принято ставить точку после всех заголовков: Классная работа. Диктант. Изложение. И т. п.

Запятая ставится.

Да, тире уместно.

Требуется тире: Среди экспонатов — парашют корабля. Однако при отсутствии паузы и логического ударения на обстоятельственном члене предложения тире не ставится.

Так написать можно.