Верно:

1. После того как он попросил прощения, всё стало налаживаться.
2. История эта началась после того, как в село приехал новый учитель.

Подробно о пунктуации в конструкциях с составными подчинительными союзами читайте в "Справочнике по пунктуации".

Примыкающее к союзу для того чтобы сочетание главным образом логически выделяет придаточную часть,  расчленение союза уместно: Главным образом для того, чтобы найти оптимальный результат, необходимо оценить и сформировать предпочтения... Обратите внимание: сочетание главным образом не относится к вводным словам.

В приведенном Вами примере запятая нужна. Правило таково. 

Сравнительные обороты, начинающиеся союзом как, выделяются: <...>

б) если в основной части предложения имеются указательные слова так, такой, тот, столь: А по другую сторону ворот стоял амбар, совершенно такой же по фасаду, как и дом (М. Г.); Два таких великих немца, как Шиллер и Гете, не могли не встретиться (Пауст.); Черты лица его были те же, как и у сестры (Л. Т.).

Примечание. Если союз как и указательные слова так, такой с частицей же оказываются рядом, то они могут сливаться в единое союзное сочетание: Он, так же как Ильюшин, учился в Военно-воздушной академии (А. Яковлев).

Запятая внутри сложного союза обычно не ставится, если придаточная часть сложноподчиненного предложения находится перед главной: До того как открыть бизнес, на протяжении 15 лет вы погружались во все нюансы. Если условия контекста требуют сделать акцент на сочетании до того, запятую нужно поставить.

Знаки препинания стоят правильно. Это предложение сложное, бессоюзное, состоит из трех частей. Двоеточие после первой части нужно, потому что далее раскрывается причина того, о чем говорится в начале предложения. Тире разделяет вторую и третью части: вторая указывает на следствие того, о чем говорится во второй. 

Тире ставится перед словом значит, присоединяющим составное сказуемое к подлежащему (в предложениях указывается на равносильность, равновесность или идентичность того, что обозначено подлежащим, и того, что обозначено сказуемым): Совсем — значит полностью, до конца. Симпатичный — значит милый или красивый. В течение — значит в определённое время.

Кажется странным считать ошибкой сочетание Алексей Максимович Горький в сочинении, с учетом того факта, что такое сочетание нередко встречается в прозе и публицистике XX века, а кроме того, один из известнейших вузов Москвы носит название Литературный институт имени А. М. Горького. Но лучше не рисковать: вдруг Вам попадется слишком строгий проверяющий? 

Пунктуация зависит от того, является ли наречие скромно пояснением.

Это пояснение, если перед скромно можно подставить то есть: по-девичьи, то есть скромно, пожала плечами. Кроме того, скромно должно выделяться соответствующей интонацией.

Если такой интонации и значения пояснения нет, то запятая не требуется. По-девичьи является обстоятельством образа действия, которое относится к обстоятельству скромно.