Верно: С Днём российского флага.
Верно: Роджер С. Уильям — старший.
Нормативными словарями современного русского языка это существительное не зафиксировано, так что говорить о строгой нормированности его произношения не приходится. С одной стороны, этимологически термин пергон имеет немецкое происхождение и представляет собой контаминацию двух слов (pergola "крытая, решетчатая аллея, галерея" и gabion "ящик из металлической сетки") — а немецкое слово имеет ударение на первом слоге. С другой стороны, для русского языка гораздо более естественным является ударение на втором слоге.
Правильно здесь: а также.
Согласимся с Вами: тире выглядит странно. Пунктуационно корректны, например, такие написания.
В тексте: Прослушивание романса М. Глинки «Жаворонок».
В перечне, оглавлении и под.: М. Глинка «Жаворонок»; М. Глинка. Жаворонок.
Единственная возможность разграничения - интонационное (авторское) тире: Просто - так устроена жизнь.
Верно: Никто тебя не любит так, как я. Никто не приголубит так, как я. Запятые в этих предложениях ставятся по структурному принципу: они указывают на границы сравнительного оборота, сопровождаемого указательным словом так. См. пункт б) параграфа 88 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Интонация не влияет на постановку знаков, структурный принцип важнее.
Числительные два, три, четыре требуют от существительного постановки в форму родительного падежа единственного числа. Правильно: два кожуха́, три кожуха́, четыре кожуха́.